次世代シークエンサ実習Ⅱ Reseq解析 コマンド集 # 10枚目 cd /home/admin1409/genome/Saccharomyces_cerevisiae/NCBI/build3.1/Sequence ll # 11枚目 ll WholeGenomeFasta # 12枚目 less WholeGenomeFasta/genome.fa # 13枚目 less WholeGenomeFasta/genome.fa.fai # 16枚目 ll BWAIndex/version0.6.0 # 17枚目 /home/admin1409/amelieff/ngs/bwa-0.7.10/bwa index mkdir BWAIndex/version0.7.10 cd BWAIndex/version0.7.10 # 18枚目 ln -s ../../WholeGenomeFasta/genome.fa ll # 19枚目 /home/admin1409/amelieff/ngs/bwa-0.7.10/bwa index genome.fa ll # 26枚目 cd /home/admin1409/amelieff/ngs ll wc -l 1K_ERR038793_1.fastq # 27枚目 fastqc -version fastqc -help # 28枚目 mkdir reseq fastqc -o reseq -f fastq 1K_ERR038793_1.fastq 1K_ERR038793_2.fastq firefox reseq/1K_ERR038793_1_fastqc/fastqc_report.html firefox reseq/1K_ERR038793_2_fastqc/fastqc_report.html # 30枚目 fastq_quality_filter -h # 31枚目 fastq_quality_filter -i 1K_ERR038793_1.fastq -o reseq/1K_ERR038793_1_qual.fastq -q 30 -p 90 -Q 33 -v # 33枚目 bwa-0.7.10/bwa mem # 34枚目 cd reseq ../bwa-0.7.10/bwa mem -R "@RG\tID:1K_ERR038793_1\tSM:ERR038793\tPL:Illumina" /home/admin1409/genome/Saccharomyces_cerevisiae/NCBI/build3.1/Sequence/BWAIndex/version0.7.10/genome.fa 1K_ERR038793_1_qual.fastq > 1K_ERR038793_1_qual.sam ll # 35枚目 samtools view -Sb 1K_ERR038793_1_qual.sam > 1K_ERR038793_1_qual.bam ll -h # 36枚目 samtools sort 1K_ERR038793_1_qual.bam 1K_ERR038793_1_qual_sorted samtools index 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam ll # 37枚目 samtools idxstats 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam # 41枚目 java -jar /usr/local/src/GenomeAnalysisTK-1.6-13-g91f02df/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -h # 42枚目 java -jar /usr/local/src/GenomeAnalysisTK-1.6-13-g91f02df/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -glm BOTH -R /home/admin1409/genome/Saccharomyces_cerevisiae/NCBI/build3.1/Sequence/BWAIndex/version0.7.10/genome.fa -I 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam -o 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf ll # 43枚目 less 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf awk '!/^#/' 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf | wc -l # 45枚目 igv.sh