########################## ### 作業ディレクトリの変更 ########################## setwd("C:/Users/kadota/Desktop/hoge") # デスクトップ上のhogeフォルダにしたい場合 #setwd("C:/Users/kadota/Desktop") # 「デスクトップ」にしたい場合 #setwd("C:/Users/kadota/Documents") # 「マイ ドキュメント」にしたい場合 ########################## ### オブジェクトの消去 ########################## rm(list = ls()) ########################## ### 翻訳配列取得 ########################## in_f <- "sample1.fasta" #入力ファイル名を指定してin_fに格納 out_f <- "hoge1.fasta" #出力ファイル名を指定してout_fに格納 #必要なパッケージをロード library(Biostrings) #パッケージの読み込み #入力ファイルの読み込み fasta <- readDNAStringSet(in_f, format="fasta")#in_fで指定したファイルの読み込み #本番 hoge <- translate(fasta) #fastaをアミノ酸配列に翻訳した結果をhogeに格納 names(hoge) <- names(fasta) #現状では翻訳した結果のオブジェクトhogeのdescription行が消えてしまうようなので、description部分の情報に相当するnames(fasta)をnames(hoge)に格納している fasta <- hoge #hogeの中身をfastaに格納 fasta #確認してるだけです #ファイルに保存 writeXStringSet(fasta, file=out_f, format="fasta", width=50)#fastaの中身を指定したファイル名で保存