RNA-seq コマンド集 # 8枚目 cd /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/Scerevisiae ll # 9枚目 ll Sequence/Bowtie2Index # 16枚目 cd /home/ユーザ名/Desktop/amelieff ll # 17枚目 mkdir rnaseq fastqc -o rnaseq -f fastq 1K_SRR518891_1.fastq 1K_SRR518891_2.fastq firefox rnaseq/1K_SRR518891_1_fastqc/fastqc_report.html firefox rnaseq/1K_SRR518891_2_fastqc/fastqc_report.html # 20枚目 fastx_trimmer -h # 21枚目 cd rnaseq fastx_trimmer -f 2 -i ../1K_SRR518891_1.fastq -o 1K_SRR518891_1_s.fastq -Q33 # 22枚目 grep "AAAAA$" 1K_SRR518891_1_s.fastq | wc -l fastx_clipper -h # 23枚目 fastx_clipper -a AAAAA -i 1K_SRR518891_1_s.fastq -o 1K_SRR518891_1_s_notail.fastq -Q 33 # 24枚目 fastq_quality_trimmer -t 20 -l 30 -Q 33 -i 1K_SRR518891_1_s_notail.fastq | fastq_quality_filter -q 20 -p 80 -Q 33 -o 1K_SRR518891_1_clean.fastq # 25枚目 fastqc -o rnaseq -f fastq 1K_SRR518891_1_clean.fastq firefox rnaseq/1K_SRR518891_1_clean_fastqc/fastqc_report.html # 28枚目 tophat # 29枚目 tophat -o 1K_SRR518891 -g 3 -N 10 --read-edit-dist 10 --read-gap-length 10 /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/Scerevisiae/Bowtie2Index/genome 1K_SRR518891_1_clean.fastq ls 1K_SRR518891 # 30枚目 less 1K_SRR518891/align_summary.txt # 32枚目 samtools index 1K_SRR518891/accepted_hits.bam igv.sh # 35枚目 cufflinks # 36枚目 cufflinks --min-frags-per-transfrag 2 -o 1K_SRR518891 1K_SRR518891/accepted_hits.bam ll –h 1K_SRR518891 # 37枚目 less 1K_SRR518891/genes.fpkm_tracking