門田 幸二のホームページ

名前 門田 幸二(かどた こうじ)
所属 東京大学 大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
身分 特任准教授
研究分野 バイオインフォマティクス(トランスクリプトーム解析)

研究テーマ(last modified: 2015.11.05)

トランスクリプトーム解析手法の開発。本ユニットでは、 マイクロアレイ、一次元電気泳動法、次世代シーケンサーなどによって得られる 様々なトランスクリプトームデータの解析や新規解析手法の開発を通じて、 農学生命科学への応用を目指します。「数式を並べ立てた難解な方法を凌駕する"シンプルな方法"の開発」をモットーとしています。 これまでの主な研究成果を三つのカテゴリーで分けていますが、いずれも「トランスクリプトーム解析」でひとまとめにできます。 また、実験系の方でも気軽に研究成果を利用可能なように 「(Rで)マイクロアレイデータ解析」と「(Rで)塩基配列解析」上にも 下記開発手法中の一部について、その利用法を記述しています。

Publications(Reviewed Journal paper; * for corresponding author, # for contributed equally; last modified: 2015.11.09)

  1. Tang M#, Sun J#, Shimizu K, Kadota K*, Evaluation of methods for differential expression analysis on multi-group RNA-seq count data. BMC Bioinformatics, 16:361, 2015. [Journal website] [PMID: 26538400]
  2. Nakao R, Yamamoto S, Yasumoto Y, Kadota K, Oishi K., Impact of denervation-induced muscle atrophy on housekeeping gene expression in mice. Muscle & Nerve, 51(2):276-281,2015. [Journal website] [PMID: 24910410]
  3. Sun J, Nishiyama T, Shimizu K, Kadota K*, TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies. BMC Bioinformatics, 14:219, 2013. [Journal website] [PMID: 23837715]
  4. Miyazaki K, Itoh N, Ohyama S, Kadota K, Oishi K., Continuous exposure to a novel stressor based on water aversion induces abnormal circadian locomotor rhythms and sleep-wake cycles in mice. PLoS One, 8(1):e55452, 2013. [Journal website] [PMID: 23383193]
  5. Kadota K*, Nishiyama T, Shimizu K., A normalization strategy for comparing tag count data. Algorithms for Molecular Biology, 7:5, 2012. [Journal website] [PMID: 22475125]
  6. Kawaoka S#, Kadota K#, Arai Y, Suzuki Y, Fujii T, Abe H, Yasukochi Y, Mita K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S*, The silkworm W chromosome is a source of female-enriched piRNAs. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 17(12):2144-2151, 2011. [Journal website] [PMID: 22020973]
  7. Kadota K* and Shimizu K., Evaluating methods for ranking differentially expressed genes applied to MicroArray Quality Control data. BMC Bioinformatics, 12:227, 2011. [Journal website] [PMID: 21639945] [Raw data (zipped)]
  8. Kawaoka S, Arai Y, Kadota K, Suzuki Y, Hara K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S*, Zygotic amplification of secondary piRNAs during the silkworm embryogenesis. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY, 17(7):1401-1407, 2011. [Journal website] [PMID: 21628432]
  9. Katsuma S*, Kang W-K, Shin-i T, Ohishi K, Kadota K, Kohara Y, Shimada T., Mass identification of transcriptional units expressed from the Bombyx mori nucleopolyhedrovirus genome. Journal of General Virology, 92:200-203, 2011. [Journal website] [PMID: 20881086]
  10. Hagiwara T, Saito Y, Ujiie Y, Imai K, Kakuta M, Kadota K, Terada T, Sumikoshi K, Shimizu K*, Nishi T, HPLC Retention time prediction for metabolome analysis. Bioinformation, 5(6):255-258, 2010. [Journal website] [PMID: 21364827]
  11. Oishi K, Koyanagi S*, Matsunaga N, Kadota K, Ikeda E, Hayashida S, Kuramoto Y, Shimeno H, Soeda S, Ohdo S, Bezafibrate induces plasminogen activator inhibitor-1 gene expression in a CLOCK-dependent circadian manner. Molecular Pharmacology, 78(1):135-141, 2010. [Journal website] [PMID: 20400680]
  12. Ishikawa K, Yoshida S*, Kadota K, Nakamura T, Niiro H, Arakawa S, Yoshida A, Akashi K, Ishibashi T, Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy. Investigative Ophthalmology & Visual Science, 51(8):4307-4319, 2010. [Journal website] [PMID: 20220049]
  13. Shintani M, Takahashi Y, Tokumaru H, Kadota K, Hara H, Miyakoshi M, Naito K, Yamane H, Nishida H, Nojiri H*, Response of the Pseudomonas host chromosomal transcriptome to carriage of the IncP-7 plasmid pCAR1 (p). Environmental Microbiology, 12(6):1413-1426, 2010. [Journal website] [PMID: 19930443]
  14. Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N*, Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption. Journal of Biochemistry, 147(2):175-184, 2010. [Journal website] [PMID: 19855119]
  15. Oishi K*, Uchida D, Ohkura N, Doi R, Ishida N, Kadota K, Horie S, Ketogenic Diet Disrupts the Circadian Clock and Increases Hypofibrinolytic Risk by Inducing Expression of Plasminogen Activator Inhibitor-1. Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology, 29(10):1571-1577, 2009. [Journal website] [PMID: 19628783]
  16. Ishii S*, Kadota K, Senoo K., Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data. Journal of Microbiological Methods, 78(3):344-350, 2009. [Journal website] [PMID: 19616587] [R-code]
  17. Kadota K*, Nakai Y, Shimizu K., Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data: methods with reproducibility, sensitivity, and specificity. Algorithms for Molecular Biology, 4:7, 2009. [Journal website] [PMID: 19386098]
  18. Natsume Y, Kadota K, Satsu H, Shimizu M*, Effect of Quercetin on the Gene Expression Profile of the Mouse Intestine. Bioscience Biotechnology and Biochemistry, 73(3):722-725, 2009. [Journal website] [PMID: 19270413]
  19. Kadota K*, Nakai Y, Shimizu K, A weighted average difference method for detecting differentially expressed genes from microarray data. Algorithms for Molecular Biology, 3:8, 2008. [Journal website] [PMID: 18578891][R-code]
  20. Shimizu-Ibuka A, Nakai Y, Nakamori K, Morita Y, Nakajima KI, Kadota K, Watanabe H, Okubo S, Terada T, Asakura T, Misaka T, Abe K*, Biochemical and Genomic Analysis of Neoculin Compared to Monocot Mannose-Binding Lectins. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 56(13):5338-5344, 2008. [Journal website] [PMID: 18537258]
  21. Nakai Y*, Hashida H., Kadota K, Minami M, Shimizu K, Matsumoto I, Kato H, Abe K., Up-regulation of genes related to the ubiquitin-proteasome system in the brown adipose tissue of 24-h-fasted rats. Bioscience Biotechnology and Biochemistry, 72(1):139-148, 2008. [Journal website] [PMID: 18175912]
  22. Kadota K, Araki R, Nakai Y, Abe M*, GOGOT: a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data. Algorithms for Molecular Biology, 2:5, 2007. [Journal website] [PMID: 17535446]
  23. Kadota K*, Konishi T, Shimizu K., Evaluation of two outlier-detection-based methods for detecting tissue-selective genes from microarray data. Gene Regulation and Systems Biology, 1:9-15, 2007. [Journal website] [PMID: 19936074]
  24. Ohkura N*, Oishi K, Sakata T, Kadota K, Kasamatsu M, Fukushima N, Kurata A, Tamai Y, Shirai H, Atsumi G, Ishida N, Matsuda J, Horie S, Circadian variations in coagulation and fibrinolytic factors among four different strains of mice. Chronobiology International, 24(4):651-669, 2007. [Journal website] [PMID: 17701678]
  25. Azama T, Yano M*, Oishi K, Kadota K, Hyun K, Tokura H, Nishimura S, Matsunaga T, Iwanaga H, Miki H, Okada K, Hiraoka N, Miyata H, Takiguchi S, Fujiwara Y, Yasuda T, Ishida N, Monden M., Altered expression profiles of clock genes hPer1 and hPer2 in peripheral blood mononuclear cells of cancer patients undergoing surgery. Life Sciences, 80(12):1100-1108, 2007. [Journal website] [PMID: 17215009]
  26. Oishi K, Ohkura N, Kadota K, Kasamatsu M, Shibusawa K, Matsuda J, Machida K, Horie S, Ishida N*, Clock mutation affects circadian regulation of circulating blood cells. Journal of Circadian Rhythms, 4:13, 2006. [Journal website] [PMID: 17014730]
  27. Kadota K*, Ye J, Nakai Y, Terada T, Shimizu K., ROKU: a novel method for identification of tissue-specific genes. BMC Bioinformatics, 7:294, 2006. [Journal website] [PMID: 16764735][R-code]
  28. Oishi K, Amagai N, Shirai H, Kadota K, Ohkura N, Ishida N*, Genome-wide expression analysis reveals 100 adrenal gland-dependent circadian genes in the mouse liver. DNA Reseach, 12(3):191-202, 2005. [Journal website] [PMID: 16303750]
  29. Kadota K, Fukumura R, Rodrigue JJ, Araki R, Abe M*, A normalization strategy applied to HiCEP (an AFLP-based expression profiling) analysis: Toward the strict alignment of valid fragments across electrophoretic patterns. BMC Bioinformatics, 6:43, 2005. [Journal website] [PMID: 15748295]
  30. Kadota K*, Rodrigue JJ, Saito T, Araki R, Abe M, An assessment of gene expression similarity among tissues using oligonucleotide microarray data. Journal of Genome Science and Technology, 3:1-7, 2004. [Journal website]
  31. Sakamoto K*, Kadota K, Oishi K*, Light-induced phase-shifting of the peripheral circadian oscillator in the hearts of food-deprived mice. Experimental Animals, 53(5):471-474, 2004. [Journal website] [PMID: 15516798]
  32. Gustincich S, Contini M, Gariboldi M, Puopolo M, Kadota K, Bono H, LeMieux J, Walsh P, Carninci P, Hayashizaki Y, Okazaki Y, Raviola E*, Gene discovery in genetically labeled single dopaminergic neurons of the retina. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 101(14):5069-5074, 2004. [Journal website] [PMID: 15047890]
  33. Shimoji T, Kanda H, Kitagawa T, Kadota K, Asai R, Takahashi K, Kawaguchi N*, Matsumoto S, Hayashizaki Y, Okazaki Y*, Shinomiya K, Clinico-molecular study of dedifferentiation in well-differentiated liposarcoma. Biochemical and Biophysical Research Communications, 314(4):1133-1140, 2004. [Journal website] [PMID: 14751251]
  34. Kadota K*, Tominaga D, Asai R, Takahashi K., Correlation analysis of mRNA and protein abundances in human tissues. Genome Letters, 2(4):139-148, 2003. [Journal website]
  35. Gariboldi M, Spinola M, Milani S, Pignatiello C, Kadota K, Bono H, Hayashizaki Y, Dragani TA*, and Okazaki Y*, Gene expression profile of normal lungs predicts genetic predisposition to lung cancer in mice. Carcinogenesis, 24(11):1819-1826, 2003. [Journal website] [PMID: 12919955]
  36. Oishi K#, Miyazaki K#, Kadota K#, Kikuno R, Nagase T, Atsumi G-I, Ohkura N, Azama T, Mesaki M, Yukimasa S, Kobayashi H, Itaka C, Umehara T, Horikoshi M, Kudo T, Shimizu Y, Yano M, Monden M, Machida K, Matsuda J, Horie S, Todo T, Ishida N*, Genome-wide expression analysis of mouse liver reveals CLOCK-regulated circadian output genes. Journal of Biological Chemistry, 278(42):41519-41527, 2003. [Journal website] [PMID: 12865428]
  37. Kadota K, Nishimura SI, Bono H, Nakamura S, Hayashizaki Y, Okazaki Y, Takahashi K*, Detection of genes with tissue-specific expression patterns using Akaike’s Information Criterion (AIC) procedure. Physiological Genomics, 12(3):251-259, 2003. [Journal website] [PMID: 12499447]
  38. Kadota K*, Tominaga D, Akiyama Y, Takahashi K, Detecting outlying samples in microarray data: A critical assessment of the effect of outliers on sample classification. Chem-Bio Informatics Journal, 3(1):30-45, 2003. [Journal website]
  39. Group1: Ichikawa Y#, Ishikawa T, Takahashi S, Hamaguchi Y, Morita T, Nishizuka I, Yamaguchi S, Endo I, Ike H, Togo S, Oki S*, Shimada H, Group2: Kadota K#, Nakamura S, Goto H, Nitanda H, Satomi S, Sakai T, Narita I, Gejyo F, Tomaru Y, Shimizu K, Hayashizaki Y, Okazaki Y*, Identification of genes regulating colorectal carcinogenesis by using the ADMS (Algorithm for Diagnosing Malignant State) method. Biochemical and Biophysical Research Communications, 296(2):497-506, 2002. [Journal website] [PMID: 12163047]
  40. Nishizuka I, Ishikawa T, Hamaguchi Y, Kamiyama M, Ichikawa Y, Kadota K, Miki R, Tomaru Y, Mizuno Y, Tominaga N, Yano R, Goto H, Nitanda H, Togo S, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Shimada H, Analysis of gene expression involved in brain metastasis from breast cancer using cDNA microarray. Breast Cancer, 9(1):26-32, 2002.[Journal website] [PMID: 12196718]
  41. Miki R, Kadota K, Bono H, Mizuno Y, Tomaru Y, Carninci P, Itoh M, Shibata K, Kawai J, Konno H, Watanabe S, Sato K, Tokusumi Y, Kikuchi N, Ishii Y, Hamaguchi Y, Nishizuka I, Goto H, Nitanda H, Satomi S, Yoshiki A, Kusakabe M, DeRisi JL, Eisen MB, Iyer VR, Brown PO, Muramatsu M, Shimada H, Okazaki Y*, Hayashizaki Y*, Delineating developmental and metabolic path ways in vivo by expression profiling using the RIKEN set of 18,816 full-length enriched mouse cDNA arrays. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 98(5):2199-2204, 2001. [Journal website] [PMID: 11226216]
  42. Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, Yoshino M, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Hara A, Fukunishi Y, Konno H, Adachi J, Fukuda S, Aizawa K, Izawa M, Nishi K, Kiyosawa H, Kondo S, Yamanaka I, Saito T, Okazaki Y, Gojobori T, Bono H, Kasukawa T, Saito R, Kadota K, Matsuda H, Ashburner M, Batalov S, Casavant T, Fleischmann W, Gaasterland T, Gissi C, King B, Kochiwa H, Kuehl P, Lewis S, Matsuo Y, Nikaido I, Pesole G, Quackenbush J, Schriml LM, Staubli F, Suzuki R, Tomita M, Wagner L, Washio T, Sakai K, Okido T, Furuno M, Aono H, Baldarelli R, Barsh G, Blake J, Boffelli D, Bojunga N, Carninci P, de Bonaldo MF, Brownstein MJ, Bult C, Fletcher C, Fujita M, Gariboldi M, Gustincich S, Hill D, Hofmann M, Hume DA, Kamiya M, Lee NH, Lyons P, Marchionni L, Mashima J, Mazzarelli J, Mombaerts P, Nordone P, Ring B, Ringwald M, Rodriguez I, Sakamoto N, Sasaki H, Sato K, Schonbach C, Seya T, Shibata Y, Storch KF, Suzuki H, Toyo-oka K, Wang KH, Weitz C, Whittaker C, Wilming L, Wynshaw-Boris A, Yoshida K, Hasegawa Y, Kawaji H, Kohtsuki S, Hayashizaki Y; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium, Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature, 409(6821):685-690, 2001. [Journal website] [PMID: 11217851]
  43. Kadota K, Miki R, Bono H, Shimizu K, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Preprocessing implementation for microarray (PRIM): an efficient method for processing cDNA microarray data. Physiological Genomics, 4(3):183-188, 2001. [Journal website] [PMID: 11160997]

Publications(総説や翻訳本など; last modified: 2016.04.21)

  1. 谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 清水謙多郎, 門田幸二,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第6回ゲノムアセンブリ」, 日本乳酸菌学会誌, 27(1):41-52, 2016.
  2. 門田幸二,「コラム RNA-SeqのためのR教育の現状と課題」, 実験医学別冊 RNA-Seq実験ハンドブック(鈴木穣 編), 羊土社, p96-97, 2016. ISBN: 978-4-7581-0194-3
  3. 門田幸二,「コラム 次世代シーケンサーって何?」, モダンアプローチの生物科学(美宅成樹 著), 共立出版, p22, 2015. ISBN: 978-4-320-05778-4
  4. 孫建強, 清水謙多郎, 門田幸二,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第5回アセンブル、マッピング、そしてQC」, 日本乳酸菌学会誌, 26(3):193-201, 2015.
  5. 孫建強, 湯敏, 清水謙多郎, 門田幸二,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第4回クオリティコントロールとプログラムのインストール」, 日本乳酸菌学会誌, 26(2):124-132, 2015.
  6. 孫建強, 三浦文, 清水謙多郎, 門田幸二,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第3回Linux環境構築からNGSデータ取得まで」, 日本乳酸菌学会誌, 26(1):32-41, 2015.
  7. 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎, 門田幸二,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第2回GUI環境からコマンドライン環境へ」, 日本乳酸菌学会誌, 25(3):166-174, 2014.
  8. 門田幸二, 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎,「次世代シーケンサーデータの解析手法:第1回イントロダクション」, 日本乳酸菌学会誌, 25(2):87-94, 2014.
  9. 門田幸二著(金明哲 編), シリーズ Useful R 第7巻 トランスクリプトーム解析, 共立出版, 2014. ISBN: 978-4-320-12370-0
  10. 門田幸二,「トランスクリプトミクスの推奨データ解析ガイドライン」, ニュートリゲノミクスを基盤としたバイオマーカーの開発, シーエムシー出版, 45-52, 2013. ISBN: 978-4-7813-0820-3
  11. 門田幸二, 清水謙多郎,「RNAシーケンシング」, 細胞, 45(4):49-52,2013.
  12. Ishii S, Kadota K, Senoo K, Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I: Metagenomics and complementary approaches, Edited by Frans J de Bruijn, Wiley-Blackwell, 67-73, 2011.ISBN: 978-0-470-64479-9
  13. 門田幸二,「1-4-1. データ解析総論」, バイオチップ実用化ハンドブック, NTS, 103-114,2010. ISBN: 978-4-86043-270-6
  14. 門田幸二,「第2章 有意差検定とマーカー遺伝子の意義(他)」, 実験医学別冊 マイクロアレイデータ統計解析プロトコール, 羊土社, 72-95,2008. ISBN: 9784758101738
  15. 門田幸二,「書評(統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析)」, バイオサイエンスとインダストリー, 65(11):28-28, 2007.
  16. Bryan Bergeron著, 清水謙多郎・中村周吾監訳,「バイオインフォマティクス・コンピューティング」,オーム社, 2004 (6章担当). ISBN: 4-274-19725-5.
  17. 市川靖史, 石川孝, 浜口洋平, 高橋真治, 西塚至, 盛田知幸, 清水大輔, 渡会伸治, 門田幸二, 岡崎康司, 林崎良英, 嶋田紘,「癌のmolecular classificationに関する最近の話題」, 血液・腫瘍科, 47(1):83-90, 2003.
  18. 門田幸二, 高橋勝利,「赤池情報量規準を用いた遺伝子発現解析 −組織特異的遺伝子検出への応用−」, AIST Today, 3(6), 28, 2003.
  19. 後藤均,門田幸二,里見進,岡崎康司,「マイクロアレイによる遺伝子発現プロファイリングと医学」, 実験医学増刊 ゲノム機能を担う核・染色体のダイナミクス, 20(11):1716-1722, 2002.
  20. 石川孝, 市川靖史, 浜口洋平, 西塚至, 渡会伸治, 神山雅子, 後藤均, 二反田博之, 門田幸二, 外丸靖浩, 水野洋介, 三木理絵, 富永直子, 矢野恵理子, 岡崎康司, 林崎良英, 嶋田紘,「cDNAマイクロアレイを用いた癌関連遺伝子の発現解析」, ゲノム医学2(1):19-27,2002.
  21. 石川孝, 市川靖史, 浜口洋平, 高橋真治, 西塚至, 盛田知幸, 清水大輔, 渡会伸治, 門田幸二, 岡崎康司, 林崎良英, 嶋田紘,「cDNAマイクロアレイを用いたがんの診断・治療」, 総合臨床, 51(9):2575-2583, 2002.
  22. David W. Mount著, 岡崎康司・坊農秀雅監訳,「バイオインフォマティクス −ゲノム配列から機能解析へ−」,メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2002(10章担当)ISBN: 4-89592-307-X.
  23. ゲノムビジネス研究会(村田達也, 門田幸二, 中村 景子, 北川 兼秀, 中野 八千穂),「図解 巨大市場 ゲノムビジネスの全て」,中経出版, 2001.ISBN: 978-4-8061-1496-3.
  24. 門田幸二, 岡崎康司,「マイクロアレイデータの前処理」,医学のあゆみ, 197(10):791-792, 2001.
  25. J.C. Setubal and J. Meidanis著, 五條堀孝監訳・遠藤俊徳代表訳,「分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門 −生物情報解析の理論とアルゴリズム −」,共立出版, 2001(1, 3, 8章の一部担当).ISBN: 4-320-05580-2
  26. 門田幸二, 清水謙多郎,「8-2 normalization:grobalな方法、8-4 データ前処理」, DNAマイクロアレイ実戦マニュアル, 2000.ISBN: 9784897063782
  27. 坊農秀雅, 門田幸二,「8-5 データマイニング」, DNAマイクロアレイ実戦マニュアル, 2000.ISBN: 9784897063782
  28. 門田幸二, 岡崎康司, 清水謙多郎, 林崎良英,「マイクロアレイを用いた発現データベース構築とデータマイニング」, Molecular Medicine, 37(10):1186-1194, 2000.
  29. 岡崎康司, 三木理雅, 水野洋介, 門田幸二, 外丸靖浩, 今野英明, 橘内徳司, 林崎良英,「RIKEN完全長マウスcDNAマイクロアレイを用いた発現プロフィール解析」,遺伝子医学4(1):85-92, 2000.

略歴

講義(last modified: 2015.12.27)

講演など(上記講義以外)(last modified: 2016.03.05)

  1. 門田幸二,「Rで塩基配列解析:ゲノム解析からトランスクリプトーム解析まで」, HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース, 産総研・臨海副都心センター(東京), 2016.03.03-04
  2. 門田幸二、寺田透、三浦文、清水謙多郎,「ノートPCを用いたバイオインフォマティクス分野におけるハンズオン講義」, MBI研究会・第18回MBI研究発表会, 明治薬科大学(東京), 2015.11.06
  3. 門田幸二,「ビッグデータ解析の一例としてのトランスクリプトーム解析とその周辺」, 日本臨床麻酔学会第35回大会, パシフィコ横浜(神奈川), 2015.10.21
  4. 門田幸二,「RNA-seq:統計解析」, バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)NGSハンズオン講習会, 東京大学(東京), 2015.08.05
  5. 門田幸二,「R(7/29分, 7/30分)」, バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)NGSハンズオン講習会, 東京大学(東京), 2015.07.29-30
  6. 門田幸二,「Linux基礎」, バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)NGSハンズオン講習会, 東京大学(東京), 2015.07.23
  7. 門田幸二,「Rでゲノム・トランスクリプトーム解析:CpG解析から機能解析まで」, HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース, 産総研・臨海副都心センター(東京), 2015.03.05-06
  8. 門田幸二,「フリーソフトRを用いたビッグデータ解析:塩基配列解析を中心に」, 生命医薬情報学連合大会2014中級者向けバイオインフォマティクス入門講習会, 仙台国際センター(宮城), 10:50-12:20, 2014.10.04
  9. 門田幸二,「ビッグデータ解析とR」, 生命医薬情報学連合大会2014HPCIワークショップ「医療とビッグデータ解析」, 仙台国際センター(宮城), 9:00-10:30, 2014.10.04
  10. 門田幸二,「3. データ解析基礎 (3-1, 3-2, 3-3, 3-4, 3-5)」, バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース, 東京大学(東京), 2014.09.08-09
  11. 門田幸二,「トランスクリプトームデータ解析戦略2014 (PDF版; YouTube版)」, イルミナウェビナー・RNA-Seqシリーズ, イルミナ株式会社(東京), 2014.07.22
  12. 門田幸二,「比較トランスクリプトーム解析とその周辺:モデル、正規化、発現変動検出など」, よく分かる次世代シークエンサー解析 ワークショップ, 九州大学(福岡), 2014.03.19
  13. 門田幸二,「Rでゲノム・トランスクリプトーム解析」, HPCI チュートリアル・バイオインフォマティクス実習コース, 産総研・臨海副都心センター(東京), 2014.03.07
  14. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析の現況2013(詳細版)」, 東京大学大学院農学生命科学研究科第123回アグリバイオインフォマティクスセミナー, 東京大学(東京), 2013.11.01
  15. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析の現況:マイクロアレイ vs. RNA-seq」, 生命医薬情報学連合大会 「オミックス・計算 そして創薬」オミックス解析における実務者意見交換会, タワーホール船堀(東京), 2013.10.30
  16. 門田幸二,「食品機能解析研究とバイオインフォマティクス」, 日本農芸化学会2013年度大会シンポジウム4SY08, 東北大学(宮城), 2013.03.27
  17. 門田幸二,「Rでトランスクリプトーム解析」, HPCI チュートリアルセミナー, 産総研・臨海副都心センター(東京), 2013.03.07
  18. 門田幸二,「Rでトランスクリプトーム解析」, HPCI チュートリアルセミナー, 産総研・臨海副都心センター(東京), 2012.03.09
  19. 門田幸二,「Rによるトランスクリプトーム解析〜NGS由来塩基配列データを自在に解析する〜」, Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会, 理化学研究所横浜研究所(神奈川), 2012.02.22
  20. 門田幸二,「RNA-Seqデータ解析リテラシー (PDF版; YouTube版)」, Illumina Webinar Series・RNAシーケンスを始めよう・セッション3:データ解析, イルミナ株式会社(東京), 2011.11.17
  21. 門田幸二,「農業生物のトランスクリプトーム解析における情報処理」, 東京大学大学院農学生命科学研究科第91回アグリバイオインフォマティクスセミナー, 東京大学(東京), 2011.11.11
  22. 門田幸二,「RNA-Seqデータ解析における正規化法の選択:RPKM値でサンプル間比較は危険?!」, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス講習会【中級】, 富士ソフトウェア・アキバプラザ(東京), 2011.09.29
  23. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析の今昔:なぜマイクロアレイ?なぜRNAシーケンス?(PDF版; YouTube版)」, Illumina Webinar Series・RNAシーケンスを始めよう・セッション1:実験手法, イルミナ株式会社(東京), 2011.09.08
  24. 門田幸二,「RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較」, 新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー, 金沢大学(石川), 2010.12.28
  25. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析の一手段としての次世代シーケンサーデータ解析〜実演を中心に〜」, 日本バイオインフォマティクス学会第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第2部, 琉球大学(沖縄), 2010.09.17
  26. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術〜私の相場観〜」, 日本バイオインフォマティクス学会第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第1部, 琉球大学(沖縄), 2010.09.17
  27. 門田幸二,「マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について」, 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム・マイクロアレイデータ解析講習会, 東京大学(東京), 2009.11.20 (第1回), 2009.11.24 (第2回)
  28. 門田幸二,「トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺」, 東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー, 東京大学(東京), 2009.10.21
  29. 門田幸二,「マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析」, 基礎生物学研究所 バイオインフォマティクス・トレーニングコース 2009, 基礎生物学研究所(愛知), 2009.8.19-21 (第1回), 2009.09.08-10 (第2回)
  30. 門田幸二,「感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン」, 東京大学ILSI Japan寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス, 東京大学(東京), 2009.5.13
  31. 門田幸二,「マイクロアレイ解析の話:発現変動遺伝子検出あたりを中心に」, 日本バイオインフォマティクス学会第5回九州地域部会講習会, 九州大学(福岡), 2009.02.26-27
  32. 門田幸二,「トランスクリプトーム解析手法の開発」, アグリバイオインフォマティクス成果報告シンポジウム, 東京大学(東京), 2008.12.8
  33. 中井雄治, 門田幸二,「ニュートリゲノミクス研究におけるDNAマイクロアレイ解析戦略」, 日本農芸化学会2008年度大会, 名城大学(愛知), 2008.3.29
  34. 門田幸二,「Rでお手軽にアレイ解析」, 特定領域研究「植物ゲノム障壁」マイクロアレイワークショップ, 東京大学(東京), 2007.10.22-23
  35. 門田幸二,「HiCEPデータのマイクロアレイ様データへの変換:HiCEPもアレイ用解析手法が利用可能です」, 放射線医学総合研究所 第14回重粒子医科学センター研究交流会, 放射線医学総合研究所(千葉), 2007.7.19
  36. 門田幸二,「マイクロアレイ解析手法あれこれ」, 日本バイオインフォマティクス学会・第二回機能ゲノミクス研究会, 東京大学(東京), 2007.4.12
  37. 中井雄治, 門田幸二,「ラット遺伝子発現に及ぼす絶食の影響」, 農学生命情報科学の大学院教育研究ユニット第3回シンポジウム, 東京大学(東京), 2007.3.19
  38. 門田幸二,「DNAマイクロアレイを用いたがんの臨床診断への応用」, 第18回よこはま21世紀フォーラム「新世紀の遺伝子医療」, 横浜, 2001.11.29

外部研究資金

科研費(代表)

科研費(分担)

科研費以外

その他(last modified: 2016.05.10)

リンク集


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Last modified: 2016.06.27