ゲノム情報解析基礎
バイオインフォマティクス基礎知識(2015年04月07日)
門田幸二
バイオインフォマティクス系学会など
JSBi(日本バイオインフォマティクス学会)
「最新イベント情報」欄が有用。学会に入っているとメーリングリストでも流れてくる。 2015年10/29-31日に
生命医薬情報学連合大会 2015 年大会
が京都で開催されます。
定量生物学の会
生命情報科学若手の会
オープンバイオ研究会
CBI(情報計算化学生物学会)
情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO)
人工知能学会第二種研究会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)
バイオインフォマティクス系?!よろず相談所
ライフサイエンスQA
本当の意味での「よろず相談所」。
Bio Technical フォーラム
2014/04/09に初めて発見。主に実験系だがときどきバイオインフォ系トピックもあり。
NGS?!解析系講義や講習会
「バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース」
JST-NBDC運営委員会人材育成分科会で策定された
NGS用カリキュラム
に沿った内容を東大農で2014年9月1日〜12日に実施。講習会映像は
Youtube
から公開されている。
イルミナ株式会社
の「
ウェビナー
」
youtubeでも見られるようになっている。
アメリエフ株式会社
の「
講習会スライド
や
勉強会
」
Linux PCでNGS解析に特化?!。あちこちで積極的に勉強会を開催している。スライドも公開しており良心的。
HPCI人材養成プログラム
e-learning
tutorial(講習会)
セミナー
ワークショップ
基礎生物学研究所
主催の「
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース
」@岡崎
おそらく受講生あたりのスタッフ数がもっとも充実しているコース。例年春と秋に開催しているので今年も開催されるであろう。
アグリバイオの講義「
機能ゲノム学
」@東大農
2015年5月12, 19, 26日, 6月9日。主にマイクロアレイを題材として講義するトランスクリプトームデータ解析の基本的な考え方は、NGSデータ(RNA-seqデータ)解析の基礎となっています。
アグリバイオの講義「
農学生命情報科学特論I
」@東大農
2015年6月16日, 23日, 30日, 7月7日。
(Rで)塩基配列解析
の実習を行う予定です。
NGS解析系ウェブサイト
(Rで)塩基配列解析
NGS系のそれっぽいキーワードで検索すると大抵上位に出現。
次世代シーケンスデータ解析情報共有フォーラム(NGS Surfer's Wiki)
実務的な内容が豊富。
DDBJ Read Annotation Pipeline
手持ちの高性能計算サーバがなくてもDDBJに解析をやってもらえます。
DDBJ Read Annotation Pipelineについての紹介番組
Biopapyrus
孫建強氏のサイト。Linux、Perlなどの各種インストール系や用語説明などが豊富。
NGS解析系その他
NGS現場の会
2015年7月1-3日に
第四回研究会
がつくばで開催されるようです。
日本語コンテンツの有用サイト
:
ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
以下に代表的なものをリストアップしていますが、あちこちで「
統合データベース講習会
」 を開催しています。
Integbioデータベースカタログ
様々なデータベースを統合したカタログです...
統合TV
有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介してくれます。
EMBOSS
や
BioMart
など 「単語は聞いたことあり有用そうなんだけどそもそもどうやって利用するのかよくわからない...」的なものの利用法をを具体例を交えて紹介してくれるので必見です。 特にBioMartは2012年初頭?!にインターフェースが大幅に変更されましたが、それに対応した番組(「
Biomart v0.8を使ってIDから遺伝子情報を取得する
」など)を作ってくれていたりしてありがたいです
ゲノム解析ツールリンク集
カテゴリ別に分類されていますが、ほとんど更新されていない印象があります。