授業の目標・概要

「生命をシステムとして理解する」ために必要な、オミックス研究データの統計的、グラフ論的手法について解説します。授業では集中講義形式でネットワーク生物学・定量生物学・合成生物学と呼ばれる分野を概観します。定義があまりはっきりしない分野のため、理論というより様々な研究動向をPPTで解説する形式を取ります。

担当教員

有田正規 (国立遺伝学研究所 / 教授)

お知らせ

この講義は集中講義です。講義時間は他の講義と異なり、10:25-16:40です。

講義室は農学部2号館1階化学第3講義室になります。ご注意ください。

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年06月05日(PC使用)化学第3講義室
  2. 平成29年06月06日(PC使用)午前中:化学第1講義室 午後:化学第3講義室
  3. 平成29年06月07日(PC使用)午前中:化学第1講義室 午後:化学第3講義室
    • 課題
      BioModelsデータベースの中からモデルを一つ選んでCellDesignerで動作を確認する。
      その機能と振る舞いを、自分の言葉で説明し、パラメータを変えた際の挙動について考察せよ。
    • メール本文に、 所属・氏名を明記
    • 締切:2017年6月30日
    • 提出場所:メールの場合は、ユニットの事務まで'report@iu.a.u-tokyo.ac.jp'
      紙媒体のレポートは、文書交換室の「アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム」のボックスか、農学部2号館B1の14-2号室内の事務局まで手渡し。

講義日程(平成27年度)

授業資料へのリンク
  1. 平成27年07月16日(PC使用)
  2. 平成27年07月17日(PC使用)
    課題: システム生物学に関係する論文を読み、その内容に考察を加えよ。

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年05月23日(PC使用)
  2. 平成25年05月30日(PC使用)
  3. 平成25年06月04日(PC使用)
  4. 平成25年06月13日(PC使用)
    課題: パーシスタンス関連の論文を読み、その原因が random process によるものなのか、TA loci がどのように影響するのか、仮説をまとめよ。
    どちらのモデルが正しいか、証明するにはどのような実験をすればよいか。自分の考える手法を説明せよ。

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年05月29日(PC使用)
  2. 平成24年05月31日(PC使用)
  3. 平成24年06月05日(PC使用)
  4. 平成24年06月07日(PC使用)
    課題:システム生物学に関する新しい論文を1つ読み、その内容に批判的な考察を加えよ。

講義日程(平成23年度)

授業資料のトップページへのリンク
  1. 平成23年05月26日(PC使用)
  2. スケールフリーネットワーク
    リンク解析、ページランク
    ネットワーク用ソフトウェア
    Cytoscape
  3. 平成23年06月02日(PC使用)
  4. 代謝物の抽出
    代謝物の測定
    代謝データベース
  5. 平成23年06月09日(PC使用)
  6. タンパク質の測定
    タンパク質データベース
  7. 平成23年06月16日(PC使用)
  8. Modularity
    CellDesigner
    課題
    1.スケールフリーネットワークの定義と、生体ネットワークに応用する際に気を付けるべきポイントを挙げよ。
    2.大規模研究においてラボ間でデータを比較する際に気を付けるべきポイントを挙げよ。
    3.ネットワークモチーフやモジュールという概念は今後の医学生物学にどう役立つと思うか。

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年05月12日(PC不使用)
  2. 平成22年05月20日(PC不使用)
  3. 平成22年06月09日(PC不使用)
  4. 平成22年06月17日(PC使用)
    レポート1
    今回の授業でシステムバイオロジーの見方が変化した点について記述。 システムバイオロジーの進むべき道について。
    レポート2(オプション)
    授業の感想。7コマの中でカバーしてもらいたい点、不用な点、など。