library(pvclust)                                                         #クラスタリングを行うpvclust関数が含まれているpvclustパッケージの読み込み
GDS1096 <- read.table("GDS1096.txt", header=TRUE, row.names=1)           #GDS1096.txtファイルを読み込んでGDS1096に格納
GDS1096$IDENTIFIER <- NULL                                               #おまじない（余分なカラム「IDENTIFIER」の消去）

library(som)                                                             #遺伝子フィルタリングのためのfiltering関数が含まれているパッケージsomの読み込み
GDS1096.f <- filtering(GDS1096, lt=50, ut=max(GDS1096), mmr=2, mmd=100)  #フィルタリングを実行し、結果をGDS1096.fに格納(---  この行を変更!  ---)
dim(GDS1096)                                                             #行列GDS1096の行数と列数を表示
dim(GDS1096.f)                                                           #行列GDS1096.fの行数と列数を表示
GDS1096.f.log <- log(GDS1096.f)                                          #log変換し、結果をGDS1096.f.logに格納
library(genefilter)                                                      #Z scaling用の関数genescaleが含まれているパッケージgenefilterの読み込み
GDS1096.f.log.z <- genescale(GDS1096.f.log, axis=1, method="Z")          #遺伝子方向にZ scalingした結果をGDS1096.f.log.zに格納

GDS1096.f.log.z.pv <- pvclust(GDS1096.f.log.z, method.hclust="average", method.dist="correlation", nboot=20)  #クラスタリングの実行(---  この行を変更!  ---)
plot(GDS1096.f.log.z.pv)                                                 #樹形図（デンドログラム）の表示
pvrect(GDS1096.f.log.z.pv, alpha=0.95, pv="au")                          #頑健なクラスター（approximately unbiased p-value > 95%）を四角で囲む