ゲノムReseq、変異解析 コマンド集


# 9枚目
cd /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/Scerevisiae
ll

# 10枚目
ll WholeGenomeFasta

# 11枚目
less WholeGenomeFasta/genome.fa

# 12枚目
less WholeGenomeFasta/genome.fa.fai 

# 15枚目
ll Scerevisiae/BWAIndex/

# 16枚目
bwa index
mkdir BWAIndex/version0.7.10
cd BWAIndex/version0.7.10

# 17枚目
ln -s ../../WholeGenomeFasta/genome.fa
ll

# 18枚目
bwa index genome.fa
ll

# 25枚目
cd /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/
ll
wc -l 1K_ERR038793_1.fastq

# 26枚目
fastqc -version
fastqc -help


# 27枚目
mkdir reseq
fastqc -o reseq -f fastq 1K_ERR038793_1.fastq 1K_ERR038793_2.fastq
firefox reseq/1K_ERR038793_1_fastqc/fastqc_report.html
firefox reseq/1K_ERR038793_2_fastqc/fastqc_report.html

# 29枚目
fastq_quality_filter -h

# 30枚目
fastq_quality_filter -i 1K_ERR038793_1.fastq -o reseq/1K_ERR038793_1_qual.fastq -q 30 -p 90 -Q 33 -v

# 32枚目
bwa mem

# 33枚目
cd reseq
bwa mem -R "@RG\tID:1K_ERR038793_1\tSM:ERR038793\tPL:Illumina" /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/Scerevisiae/BWAIndex/genome.fa  1K_ERR038793_1_qual.fastq > 1K_ERR038793_1_qual.sam
ll

# 34枚目
samtools view -Sb 1K_ERR038793_1_qual.sam > 1K_ERR038793_1_qual.bam
ll -h

# 35枚目
samtools sort 1K_ERR038793_1_qual.bam 1K_ERR038793_1_qual_sorted
samtools index 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam
ll

# 36枚目
samtools idxstats 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam

# 38枚目
java -jar /usr/local/src/GenomeAnalysisTK-1.6-13-g91f02df/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -h

# 39枚目
java -jar /usr/local/src/GenomeAnalysisTK-1.6-13-g91f02df/GenomeAnalysisTK.jar -T UnifiedGenotyper -glm BOTH -R /home/ユーザ名/Desktop/amelieff/Scerevisiae/WholeGenomeFasta/genome.fa -I 1K_ERR038793_1_qual_sorted.bam -o 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf
ll

# 40枚目
less 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf

# 41枚目
awk '!/^#/' 1K_ERR038793_1_qual_sorted.vcf | wc -l

# 42枚目
igv.sh