生命情報解析研究室

新着情報

• 東京大学大学院 情報学環・学際情報学府 総合分析情報学コースの入試説明会（2025年4月入学、冬季入試）は、第1回が2024年10月26日（土）10:00-12:00、第2回が2024年11月25日（月）17:00〜19:00の日程で開催されます。(2024/09/24)
• 研究テーマ4のところに参考書を追加しました。(2024/07/11)
• 日本乳酸菌学会誌の2024年6月号に、NGS連載第23回メタゲノム解析（その2）が公開されました。(2024/06/22)
• メンバーを更新しました。(2024/06/01)
• 2024年度のアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの外部生受講申し込み期間は5月7日～6月18日です。(2024/04/26)
• 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻の令和7(2025)年度大学院学生募集公開ガイダンスは、第1回が2024年5月11日（土）12:15-、そして第2回が2024年6月1日（土）12:15-に開催されます。(2024/04/17)
• 東京大学大学院 情報学環・学際情報学府 総合分析情報学コースの令和7(2025)年度入試説明会は、2024年5月11日（土）13:30-に開催されます。(2024/04/17)
• 日本乳酸菌学会誌の2024年3月号に、NGS連載第22回メタゲノム解析（その1）が公開されました。(2024/03/22)
• 新しい発現変動解析手法MBCdeg3の論文(Makino et al., 2023)が公開されました。MBCdeg2(Osabe et al., 2021)の改良版という位置づけですが、大幅な性能向上を達成しています。(2023/12/15)
• 改訂版RNA-Seqデータ解析　WETラボのための超鉄板レシピ(坊農秀雅 編)が刊行されました。Chapter 5を担当させていただき、Web資料を丸々作り替えました。(2023/09/28)
• 日本乳酸菌学会誌の2023年7月号に、NGS連載第21回シミュレーションデータの生成が公開されました。(2023/07)
• Web連携テキスト バイオインフォマティクスのページの読み込みに時間がかかっていた問題を大幅に改善しました。(2023/05/24)
• 2023年度のアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの外部生受講申し込み期間は5月9日～6月20日です。(2023/04/28)
• 東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻の令和6(2024)年度大学院学生募集公開ガイダンスは、第1回が2023年5月20日（土）12:15-、そして第2回が2023年6月3日（土）12:15-に開催されます。(2023/04/25)
• 東京大学大学院 情報学環・学際情報学府 総合分析情報学コースの入試説明会（2024年度4月入学、夏季入試）は、第2回が2023年5月20日（土）13:00～15:00に、そして第3回は2023年6月16日（金）17:00～19:00に開催されます。(2023/04/25)
• メンバーの項目を追加しました。(2023/04/10)
• 2023年度よりM1の学生2名が配属となり、研究室の本格スタートとなりました。どうぞよろしくお願いいたします。
• 日本乳酸菌学会誌に連載させていただいている原稿の第20回の原稿PDFを公開しました。(2023/04/01)
• 令和5年度(2023年度)もアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムを実施します(外部生はオンデマンド配信のみ)。複数の科目で、今年度より教科書を利用した内容に順次切り替わっていきます。(2023/04/01)
• 2023年4月4日18:00-のアグリコクーン全体ガイダンスの冒頭部分で、アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニットの簡単な紹介をさせていただきます。(2023/03/24)
• 日本乳酸菌学会誌に連載させていただいている原稿の第19回の原稿PDFを公開しました。(2023/01/13)
• Web連携テキスト バイオインフォマティクスという教科書が培風館より刊行されました。(2022/10/26)
• 日本乳酸菌学会誌に連載させていただいている原稿の第18回の原稿PDFを公開しました。
• (Rで)塩基配列解析を更新しました。特にMac版のRStudioの基本的な利用法を更新しました。(2022/06/18)

当研究室について

2022年4月スタートのバイオインフォマティクス系の研究室です。主宰者（門田幸二）は、東京大学 大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニットの業務（特に講義やその補助）がメインです。日本では相当レアな教育系バイオインフォマティシャンであり、他の一般的な研究室とは事情が大きく異なる点を予めご承知おきください。また、学生の受け入れ枠もかなり制限しています(概ね1学年1名)。当研究室を志望する方は、予め研究テーマをよくご確認の上で、私（koji.kadota@gmail.com）にコンタクトをとっていただけるようお願い申し上げます。大学院の受験は、以下の2つの選択肢（ルート）があります。

• 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻
  当研究室は、応用生命工学専攻の協力講座です。入試情報はこちらです。
  
• 大学院情報学環・学際情報学府 総合分析情報学コース
  こちらも兼担していますので、指導教員として門田を指定して受験することができます。入試情報はこちらです。

研究室の場所は、アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット事務局と同じです。学生用の机はおそらくここになりますが、平日のコアタイムなどは一切設けておりません。効率的に研究を進められるのであれば在宅で全く問題ありません。やりとりはSlackが中心となりますので、バーチャルな研究室というイメージを持っていただければと思います。早め早めで行動し、レスポンスが早いヒトは私と合うと思います。例えば、どうにもならないレベルの修論要旨を締切直前に提出するような感性の方は私とは合いません。しかし、たとえボロボロのレベルであったとしても、例えば締め切りの1か月前とかに見せていただければ、どこがダメでどのように修正すべきかを指導するゆとりと時間が持てます（これが早め早めで行動の具体例）。そして、その結果を受けて速やかに対応できれば、やりとりのピンポンが成立します。結果として、締め切りまでにはクオリティをしっかり上げることができます（これがレスポンスが早いヒトの具体例）。