本ユニットについて
概要・目的
農学生命科学分野におけるバイオインフォマティクスの重要性は、ますます高まっています。食、環境、生命といった今日の重大な社会問題に対応するため、その具体的な方法論として、また、細分化された専門分野を統合する手段として、バイオインフォマティクスは必要不可欠となっており、基礎、応用の両面からの教育が望まれています。
「アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム」は、バイオインフォマティクスの実践的基礎教育から、バイオインフォマティクスに関連した農学生命科学の教育と研究指導、さらには、この分野の社会連携、国際拠点の形成を目指します。
プログラムの経緯
「アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム」は、
その前身である「アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット」を含めて、平成16年度より20年にわたって活動しています。
これまでに、東京大学大学院農学生命科学研究科だけでなく東京大学大学院の他研究科をはじめ、他大学や社会人を含め、延べ8900人以上が受講してきました。
カリキュラム・活動内容
「アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム」では、講義・実習により、バイオインフォマティクスの基礎知識と研究に利用できるような実践的技術を習得させるコース1と、所属研究室の指導教員と本プログラム担当教員の協力指導により、バイオインフォマティクスに関連した修士・博士論文研究を行うコース2の2つのコースが設置されました。
「アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム」では、カリキュラムの改訂を行い、バイオインフォマティクスの基礎、方法論、先端トピックスに至るまで一連の講義を用意し、科目ごとに目的に応じ選択して受講することができるようにしています（教育プログラムはこちら）。
多くの科目は、実習と一体化した講義で、実践的な技術を身につけることができます。本学の学生だけでなく、他大学の学生や社会人の方も受講することができ、所定の単位を取得した人には修了証を発行しています。また、JBIC会員企業向けの講習会など様々な実践的教育も実施しています。
設立当初からの特色は、統計解析に強みをもつRを用いた実践的な講義ですが、近年は需要が高まっているPythonプログラミング教育にも力を入れています（解説記事はこちら）。また、2022年にはWeb連携テキストという特徴をもった次世代の教科書も刊行しています。
教育実績 （平成16～20年度； 人材養成プログラム）
1科目以上の合格者数の括弧内の数字は、「農学生命情報科学実習I」を含む6科目以上の合格者数（コース1修了者数）を表します。1科目以上合格した362名が、5年間平均で1181/362 = 3.26科目合格しています。362名中91名が、「農学生命情報科学実習I」を含む6科目以上合格しています。
| 年度 | 1科目以上の合格者数 | 延べ 合格者数 |
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 西暦 | 和暦 | 学部 | 修士 | 博士 | 社会人 | 合計 | |
| 2004 | H16 | - | 12(5) | 3(1) | 5(2) | 20(8) | 53 |
| 2005 | H17 | - | 65(11) | 7(3) | 3(0) | 75(14) | 251 |
| 2006 | H18 | - | 73(21) | 11(2) | 8(0) | 92(23) | 297 |
| 2007 | H19 | - | 83(19) | 13(4) | 4(3) | 100(26) | 343 |
| 2008 | H20 | - | 68(18) | 6(1) | 1(1) | 75(20) | 237 |
| 合計(2004-2008) | - | 301(74) | 40(11) | 21(6) | 362(91) | 1181 | |
このほか、「農学生命情報科学実習II」の合格者をコース2修了者とし、計28名（修士25、博士3）を認定しています。28名中21名はコース1も修了しています。
教育実績 （平成21年度以降； 教育研究プログラム）
1科目以上の合格者数の括弧内の数字は、8科目以上の合格者数（修了者数）を表します。1科目以上合格した3009名が、16年間平均で7773/3009 = 2.58科目合格しています。3009名中211名が、8科目以上合格しています。
| 年度 | 1科目以上の合格者数 | 延べ 合格者数 |
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 西暦 | 和暦 | 学部 | 修士 | 博士 | 社会人 | 合計 | |
| 2009 | H21 | 6(0) | 64(2) | 9(0) | 1(0) | 80(2) | 185 |
| 2010 | H22 | 5(0) | 100(7) | 14(4) | 11(1) | 130(12) | 362 |
| 2011 | H23 | 7(1) | 91(7) | 23(6) | 19(6) | 140(20) | 461 |
| 2012 | H24 | 7(0) | 113(7) | 16(3) | 32(3) | 168(13) | 510 |
| 2013 | H25 | 9(2) | 115(8) | 20(3) | 26(2) | 170(15) | 430 |
| 2014 | H26 | 4(0) | 105(7) | 21(3) | 55(12) | 185(22) | 561 |
| 2015 | H27 | 9(1) | 139(11) | 25(2) | 34(6) | 207(20) | 629 |
| 2016 | H28 | 5(0) | 140(4) | 25(2) | 20(3) | 190(9) | 486 |
| 2017 | H29 | 2(0) | 143(2) | 17(0) | 28(2) | 190(4) | 487 |
| 2018 | H30 | 1(1) | 145(7) | 20(6) | 26(6) | 192(20) | 541 |
| 2019 | R1 | 8(0) | 150(3) | 10(2) | 18(4) | 186(9) | 491 |
| 2020 | R2 | 11(0) | 150(10) | 15(3) | 0(0) | 176(13) | 482 |
| 2021 | R3 | 17(0) | 153(4) | 16(2) | 29(6) | 215(12) | 516 |
| 2022 | R4 | 24(0) | 164(8) | 36(2) | 22(6) | 246(16) | 508 |
| 2023 | R5 | 28(0) | 179(4) | 25(2) | 19(4) | 251(10) | 545 |
| 2024 | R6 | 35(0) | 186(7) | 40(1) | 22(6) | 283(14) | 579 |
| 合計(2009-2024) | 178(5) | 2137(98) | 332(41) | 362(67) | 3009(211) | 7773 | |
| 総合計(2004-2024) | 178(5) | 2438(172) | 372(52) | 383(73) | 3371(302) | 8954 | |
このほか、「農学生命情報科学特別演習」の合格者を、（人材養成プログラムのコース2に相当する修了者として）これまでに計17名（学部1、修士11、博士5）修了認定しています。