授業の目標・概要

作物、園芸植物、昆虫などの農業生物と、それらに影響を与える環境条件や微生物等、さらにそれらが構成する農業生態系ないし生産システムを対象としたインフォ マティクスを学ぶ。

担当教員

嶋田 透 (東大・農・生産・環境生物学専攻 / 教授)ほか

お知らせ

講義室は農学部2号館1階化学第3講義室になります。ご注意ください。

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年11月 1日(水)

  2. 時間:17:00-19:00
    場所:農学部2号館1階 化3講義室
    講師:岩田洋佳(東大・農・生・生測)
    講師:平藤雅之(東大・農・国際フィールドフェノミクス)
  3. 平成29年11月 8日(水)

  4. 時間:17:00-19:00
    場所:農学部2号館1階 化3講義室
    講師:岸野洋久(東大・農・生・生測)
    講師:井澤毅(東大・農・生・育種)
  5. 平成29年11月15日(水)

  6. 時間:17:00-19:00
    場所:農学部2号館1階 化3講義室
    講師:木内隆史(東大・農・生・昆遺)
    講師:今野浩太郎(農研機構)【非常勤講師】
  7. 平成29年11月22日(水)

  8. 時間:17:00-19:00
    場所:農学部2号館1階 化3講義室
    講師:松尾隆嗣(東大・農・生・応昆)
    講師:内山博允(東京農大・生物資源ゲノム解析センター)【ゲストスピーカー】
  9. 平成29年11月29日(水)

  10. 時間:17:00-19:00
    場所:農学部2号館1階 化3講義室
    講師:二宮正士(東大・農・国際フィールドフェノミクス)
    講師:郭威(東大・農・附属生態調和農学機構)

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年5月27日(火)

  2. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
    講師:北田修一(東京海洋大学)
    題目:人工種苗が野生集団に及ぼす影響評価をめぐって
    要旨:人工繁殖技術は、魚介類の養殖や種苗放流による資源増殖の他、希少動物の保護増殖を目的として広く用いられている。しかし、近年、継代飼育で高成長個体を選抜してきたタイセイヨウサケ養殖魚や孵化場で生産されたタイヘイヨウサケ放流魚の野外における生残率や繁殖成功度が野生魚に比べて劣っていることが明らかになり、野生集団への深刻な影響懸念を提起している。この授業では、種苗放流が野生集団に与える遺伝的影響を中心に、実データに基づく研究を総括するとともに新たな展開についても紹介する予定である。果して、人工繁殖技術は野生動物集団の維持・増殖に有効なのか。ここでの結果は、保全生物に関しても有用な情報を提供する。

  3. 平成26年6月17日(火)

  4. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
    講師:鈴木榮一郎(味の素株式会社)
    題目:基礎研究と実用開発における仮説検証とシミュレーション
    要旨:一般に、基礎研究においては、理論的モデル(作業仮説)に基づくシミュレーションと実験の結果の比較から、その一致度(再現性)が芳しくない場合は理論・実験の少なくとも片方の問題点を再検討・改善し、もし一致度が良好ならばシミュレーションに用いられたパラメターを有意義なものと認め他の研究に利用されるに至る。
    今日、値が十分確固としている点で、その最たるものが物理定数である。その一方で、電子スペクトルを再現する上でのフランク・コンドン因子などを得るには、多原子分子では相当程度複雑な計算を要することになるし、NOE等各種NMRスペクトルにおける個別分子系毎に求まる相関時間のようなパラメターも分子全体についてだけで決めるので済むならばまだしも、NOEデータを満足するタンパク質等の生体高分子のモデル構造はかなり膨大な核間距離のパラメター・セットとなる。
    また、それらのパラメター・セットは、スペクトルを再現するための十分条件ではあり得ても、必要十分条件である保証はない。これらの場合、就中スピード勝負のケースにおいては、より正確かつ精確なシミュレーションを目指すことが実用開発において必ずしもメリットを有しないことはよく経験することかも知れない。しかし、実は、愚直に努力を重ねて、より精密な再現をめざすことが全く無駄であるかというと、実用開発におけるコンセプト構築等においてこそ、そのような取り組みの結果、莫大な恩恵にあずかることがある。また、X線結晶構造解析などでは、一つの実験結果の温度因子をもとに考え込むよりも、複数の条件で構造を解く方が遥かに役立つことも多い。
    講演では、以上のような経験を、具体例に即して紹介したい。

  5. 平成26年6月23日(月)

  6. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
    講師:田中隆治(星薬科大学)
    題目:植物ポリフェノールの科学―生理活性物質の構造活性相関―
    要旨:動物、特に哺乳類の生体内生理活性物質の多くはペプチドであるが、植物、あるいは下等な生物では脂肪族化合物が活性物質として多くみられ、ペプチドが生理活性を示すものは少ない。一方、全ての生物のこれら生理活性物質が作用する受容体、酵素は全てが類似した立体構造を有するタンパク質で構成されている事はよく知られている。
    このような事を考えながら、植物の細胞の中に存在する多くのフラボノール、フラバン、ポリフェノール類に興味を持ち、研究を進めてきた。その結果、多くの機能性食品素材を商品化し、またポリフェノール科学を利用した商品開発に応用した事例を話し、企業の研究開発に興味を持っていただきたい。

  7. 平成26年6月24日(火)

  8. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館1階化学第3 講義室(化3)
    講師:浅川修一(東大・農・水圏生物科学専攻)
    題目:高等生物ゲノム解析の実践
    要旨:本講義では講師が実際に行なってきたヒトゲノム解析、さらには現在推進している魚介類(メダカ、 トラフグ、ニジマス、ウナギ、ブリなど)のゲノム解析、多型解析、トランスクリプトーム解析、さらには特定の表現型に関与する遺伝子の同定、などの研究を通して、どのように研究を進めてきたか、すなわち、どのように実験を計画、データを収集し、それらのデータ解析にどのようにバイオインフォマティクスの諸技術を活用してきたかについて紹介したい。

  9. 平成26年7月3日(木)

  10. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
    講師:諏訪牧子(青山学院大学)
    題目:GPCRの分子機能メカニズムの多様性
    要旨:GPCRは、身体のあらゆる細胞に存在して多様な機能を担う。7本の膜貫通へリックスを持つなどの基本構造は類似するが関わらず何故このように多様化したか興味あるところである。この疑問を理解するため、本講義では、近年、急増しているGPCRの配列と立体構造情報を基に全GPCRファミリーを概観してGPCRの分子メカニズムの多様性化に関する研究を紹介する。私たちは、ゲノム配列からGPCR配列をほぼ網羅したデータベース(SEVENS)を構築している。この中の全GPCR配列にわたって保存度が非常に高い〔70%以上〕残基はGPCRのリガンド結合部位から、細胞質側に向う保存領域を形成していた。この保存領域周囲に注目し、Gタンパク質結合選択性が異なる2種のロドプシン構造や、Gタンパク質と結合した状態のGPCR構造(ロドプシンおよびβ2アドレナリン受容体)を用いて、Gタンパク質結合選択性に関与する領域とそれらの多様性を見出した。本講義では、この過程で用いられた配列解析や相互作用エネルギー評価などにバイオインフォマティクス手法がどのように用いられたかを紹介しながら進める。

  11. 平成26年7月8日(火)

  12. 時間:17:15~
    場所:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
    講師:西島和三(持田製薬株式会社)
    題目:科学技術イノベーションを担う創薬産業
    要旨:第4期科学技術基本計画(2011~15年度)の中、昨年に日本再興戦略として科学技術イノベーション総合戦略が策定された。健康長寿社会の実現が推進される現況下、創薬産業が科学技術イノベーションを担っている。講義では、治療満足度と薬剤貢献度が低い疾患の克服を目指す新薬の研究開発プロセス等を解説する。特に、合理的な創薬プロセスとして、新薬の創製を目指した標的タンパク質構造情報の有効活用について紹介する。
    また、最先端科学研究の創薬への貢献として、認知症(特にアルツハイマー病)の克服を目指した創薬プロセスへの分子イメージング応用を話題とする。

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年11月 1日(金)

  2. 時間:15:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    講師:勝間進(東大・農・生産・環境生物学専攻)
    題目:piRNAバイオロジー:カイコを使ったpiRNAの研究
    講師:門田幸二(東大・農・アグリバイオ)
    題目:トランスクリプトーム解析の現況2013(詳細版)

  3. 平成25年11月 8日(金)

  4. 時間:15:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    講師:松尾隆嗣(東大・農・生産・環境生物学専攻)
    題目:昆虫の食性は何で決まるか

    講師:大島一正(京都府大)
    題目:植食性昆虫の寄主適応:遺伝基盤と種分化の視点から

    講師:尾崎克久(JT生命誌研究館)
    題目:アゲハチョウが食べられる植物を見わけるしくみ ~分子から行動まで~: 今、非モデル昆虫の研究がおもしろい

  5. 平成25年11月15日(金)

  6. 時間:15:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    講師:岸野洋久(東大・農・生産・環境生物学専攻)
    題目:タンパク質の構造と遺伝子発現が映し出す環境適応の役者

    講師:竹本和広(九州工大)
    題目:ネットワークから捉える代謝システム-個体から群集まで-

  7. 平成25年11月22日(金)

  8. 時間:15:00-17:00
    場所農学部2号館115号室(変更になりました!)
    講師:二宮正士(東大・農・附属生態調和農学機構)
    題目:野外での高速フェノタイピングに向けて

    講師:亀岡孝治(三重大・生物資源)
    題目:電磁波(光)を用いた作物の分光センシングとフェノミクス

  9. 平成25年12月6日(金)

  10. 時間:15:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    講師:岩田洋佳(東大・農・生産・環境生物学専攻)
    題目:ゲノミックセレクションの実用化に必要となる情報科学とは?

    講師:矢野健太郎(明治大学・農)
    題目:大規模オミックス解析とデータベース構築

講義日程(平成24年度)

    今年度は開講しない。

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年10月14日15:00-17:00

  2. 講師:二宮正士(附属生態調和農学機構)
    時間:15:00-16:00
    場所:アネックスエンゼル研究棟講義室
    題目:農業生産の現場で求められるインフォマティクス

    講師:中川博視(農研機構・中央農研)
    時間:16:00-17:00
    場所:アネックスエンゼル研究棟講義室
    題目:作物生長シミュレーションモデルと遺伝情報

  3. 平成23年10月28日15:00-17:00
    講師:岩田洋佳(農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻)
    時間:15:00-16:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:作物改良のためのゲノミクス:ゲノムワイドアソシエーション解析とゲノミックセレクション

    講師:七夕高也(農業生物資源研究所)
    時間:16:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:画像処理技術を活用したハイスループット形質評価技術

  4. 平成23年11月11日15:00-17:00
    講師:勝間 進(農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻)
    時間:15:00-16:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:piRNAバイオロジー:カイコでの研究を例として

    講師:門田幸二(アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット)
    時間:16:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:農業生物のトランスクリプトーム解析における情報処理

  5. 平成23年11月25日15:00-17:00
    講師:松尾隆嗣(農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻)
    時間:15:00-16:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:昆虫の生態と遺伝子レパートリーの進化

    講師:長谷部光泰(基礎生物学研究所)
    時間:16:00-17:00
    場所:農学図書館ゼミナール室1
    題目:非モデル植物のゲノム解析とゲノム比較からわかった植物の進化

  6. 平成23年12月9日15:00-17:00
    講師:岸野洋久(農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻)
    時間:15:00-16:00
    場所:アネックスエンゼル研究棟講義室
    題目:ゲノム進化の統計的モデリング

    講師:田村浩一郎(首都大学東京)
    時間:16:00-17:00
    場所:アネックスエンゼル研究棟講義室
    題目:分子進化のインフォマティクス