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各講義の詳細

     
カテゴリー 科目名 実施ターム
・単位
実施
曜日
基礎 1. 生物配列解析基礎
生命科学のためのデータベースの利用と基本的な解析手法について講義します。配列データベースや機能データベースの使用法を紹介するとともに、ホモロジー検索、モチーフ解析、Perlプログラミング、系統解析などの基本的な手法について、実習形式で解説します。 S1・1 水曜
2. ゲノム情報解析基礎
次世代シーケンサーの普及により、ゲノム情報を基盤とした膨大な塩基配列情報を自在に解析するスキルが要求される時代になっています。フリーソフトウェアRを用いて、配列決定後の基礎情報取得など各種配列解析の基本スキル向上を目指した実習を含む講義を行います。また、ウェブツールなどを用いて遺伝子領域の予測やアノテーションなどゲノム情報を比較または解析するための手法について解説します。 S1・1 月曜
3.バイオスタティスティクス基礎論
統計解析ソフトウエアRを用いてバイオスタティスティクス基礎(生物統計学基礎)を学びます。初めてRを使用する受講生を対象に考え、ノートパソコンを使用した実習中心の講義を行います。 S1・1 金曜
4.構造バイオインフォマティクス基礎
タンパク質立体構造データベースの利用とその応用について解説します。また、立体構造決定における情報処理手法について解説します。 S1・1 木曜
方法論 5.知識情報処理論
パターン認識と機械学習の手法の紹介を行います。最終的にこれらの手法の基本的な概念を会得していただき、「各自が直面するであろう研究的な課題」に適用し、計算機を用いて実験データから発見ができる(or もしくはその手がかりを見つける)ことを目標とします。そのために、各手法について、実習を交えながら講義します。 SP-A1・1 金曜
6.生物配列統計学
生物配列を比較して、進化の歴史と適応進化、群集の多様性をはかる方法を解説します。ビッグデータの落とし穴を見ぬき、偏りのない推定を行う方法を学びます。また、統計モデルを通して、表現型と生物配列の情報を統合して分析する方法を学びます。 S1・1 集中
7.分子モデリングと分子シミュレーション
分子軌道法、分子力学法、分子動力学法、モンテカルロ法、およびこれらの応用である複合体モデリングについて解説し、実習を行います。 S1-SP・1 木曜
8.オーム情報解析
オームレベルのデータを取得するための実験手法からその情報処理、システム生物学にわたる最新かつ広範な領域をカバーする講義です。 -- 開講せず
9.機能ゲノム学
細胞中で発現している全転写物(トランスクリプトーム)の解析技術は、マイクロアレイから次世代シーケンサ(RNA-seq)に移行しつつあります。しかしRNA-seqデータ解析の多くは、マイクロアレイの知識を前提としています。本科目では、マイクロアレイデータを主な例として、各種トランスクリプトーム解析手法について解説します。また、Rのスキルアップを目指します。 S1・1 月曜
10.システム生物学概論
「生命をシステムとして理解する」ために必要な、オミックス研究データの統計的、グラフ論的手法について解説します。 SP・1 集中
先端
トピックス
11.農学生命情報科学特論I
次世代シーケンサー(NGS)解析の基礎となる理論、解析手法の使い分け、結果の合理的な解釈など、NGSデータの統計解析に関する実習を含む講義を行います。 -- 開講せず
12.農学生命情報科学特論II
最も効率的なデータ解析環境であるLinux上で次世代シーケンサー(NGS)解析を自在に行うための実習を含む講義を行います。大容量メモリを必要とするde novoアセンブリを実行するためのクラウド解析環境(ウェブツール)との連携や、最新プログラムのインストールとその利用のためのスキルアップを目指します。 -- 開講せず
13.農学生命情報科学特論III
農業生産の対象である作物、園芸植物、有用昆虫と、それらの寄生者、さらに環境を含めた農業生態系を対象としたインフォマティクスを学びます。 A1-A2・1 集中
14.農学生命情報科学特論IV
農業生産、発酵を含む農産物生産、排水処理、環境浄化には、目に見えない微生物の力が利用されている。また、地球規模で考えれば、炭素・窒素・リン・鉄など種々の元素の循環に、微生物はメインプレーヤーの一つとして活躍している。一方で、微生物は目に見えず、多数の種で構成される集団として生活していることから、解析では情報科学的手法が使われることが多い。本特論では、微生物研究にどの様にインフォマティクスが利用され、興味深い知見が得られているのかを学びます。 A1-A2・1 集中
15.農学生命情報科学特別演習
アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの特任教員・兼任教員の指導のもとで行う特別演習です。 W1・1 不定

先端トピックス 農学生命情報科学特別演習 農学生命情報科学特論I 農学生命情報科学特論II 農学生命情報科学特論III 農学生命情報科学特論IV 方法論 生物配列統計学 システム生物学概論 知識情報処理論 オーム情報解析 機能ゲノム学 分子モデリングと分子シミュレーション 基礎 ゲノム情報解析基礎 構造バイオインフォマティクス基礎 生物配列解析基礎 バイオスタティスティクス基礎論