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各講義の詳細

     
カテゴリー 科目名
基礎 生物配列解析基礎
生命科学のためのデータベースの利用と基本的な解析手法について講義します。配列データベースや機能データベースの使用法を紹介するとともに、ホモロジー検索、モチーフ解析、プログラミング、系統解析などの基本的な手法について、実習形式で解説します。
ゲノム情報解析基礎
ゲノム情報解析分野の全般的な動向、公共塩基配列データベース全般、そしてメタゲノム解析に関する実習を含む講義を行います。
バイオスタティスティクス基礎論
統計解析ソフトウエアRを用いてバイオスタティスティクス基礎(生物統計学基礎)を学びます。初めてRを使用する受講生を対象に考えています。
構造バイオインフォマティクス基礎
タンパク質立体構造データベースの利用とその応用について解説します。また、立体構造決定における情報処理手法について解説します。
方法論 知識情報処理論
授業計画に例示したパターン認識と機械学習の手法の紹介を行います。最終的にこれらの手法の基本的な概念を会得していただき、「各自が直面するであろう研究的な課題」に適用し、計算機を用いて実験データから発見ができる(もしくはその手がかりを見つける)ことを目標とします。そのために、各手法について、実習を交えながら講義します。
生物配列統計学
開講せず
分子モデリングと分子シミュレーション
分子軌道法、分子力学法、分子動力学法、モンテカルロ法、およびこれらの応用である複合体モデリングについて解説し、実習を行います。
オーム情報解析
開講せず
機能ゲノム学
ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。k-mer解析の基本的な考え方やその利用(de novoアセンブリやゲノムサイズ推定)、ゲノムアノテーション、RNA-seqデータ解析に関する講義を行います。
システム生物学概論
ネットワーク生物学・定量生物学・合成生物学と呼ばれる分野を概観します。定義があまりはっきりしない分野のため、理論というより様々な研究動向をPPTで解説する形式を取ります。
フィールドインフォマティクス
オミックス情報を最大限に活用した育種、および生産の効率化・最適化を実現するために必要となるフィールドインフォマティクスの理論と技術を実習形式で解説します。
先端
トピックス
農学生命情報科学特論I
農学や分子生物学などの分野で利用されるPythonの最新事例を紹介しながら、Pythonの基礎文法の講義を行います。
農学生命情報科学特論II
開講せず
農学生命情報科学特論III
生態調和農学機構の温室内に設置した環境センサーのデータを利用し、環境モニタリングに関する簡単なデータ処理プログラムの作成を行います。Pythonでデータ処理プログラムが書けるようになり、JSONやCSV形式のデータが扱え、統計処理やグラフの作成などができるようになることを目指します。
農学生命情報科学特論IV
環境微生物研究にどの様にインフォマティクスが利用され、興味深い知見が得られているのかを学びます。
農学生命情報科学特別演習
アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの教員・兼任教員の指導のもとで行う特別演習です。

先端トピックス 農学生命情報科学特別演習 農学生命情報科学特論I 農学生命情報科学特論II 農学生命情報科学特論III 農学生命情報科学特論IV オーム情報解析 知識情報処理論 生物配列統計学 分子モデリングと分子シミュレーション 方法論 フィールドインフォマティクス 機能ゲノム学 システム生物学概論 バイオスタティスティクス基礎論 構造バイオインフォマティクス基礎 ゲノム情報解析基礎 生物配列解析基礎 基礎