授業の目標・概要

アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの特任教員・兼任教員の指導のもとで行う特別演習です。 学生が所属する研究室の指導教員との合意に基づいて、本プログラム専任教員がバイオインフォマティクスに関する研究指導補助を行います。
また、研究指導を受けた学生は、例年2月中旬に行われる審査会で研究内容を発表していただきます。口頭試問の結果、バイオインフォマティクスを農学・生命科学の研究に有効に適用している、あるいはバイオインフォマティクスの分野の発展に寄与していると認められれば単位と認定証が与えられます。

担当教員

本プログラム特任教員・兼任教員

履修上の注意

受講を希望する学生は必ず本プログラム事務局までご連絡下さい。

講義日程(平成29年度)

    不定期

平成25年度審査会(平成26年2月10日)

  1. 題目:実験と計算両側面から考察した、黄色ブドウ球菌の細胞壁上の高速ヘム輸送機構の解明
  2. 題目:代謝型グルタミン酸受容体の活性化過程の動的モデルの構築
  3. 題目:感度・特異度の高い頑健なRNA-seqデータ正規化法の開発

平成24年度審査会(平成25年2月12日)

  1. 題目:分子動力学シミュレーションを用いたZ-DNAのダイナミクス解析
  2. 題目:分子動力学シミュレーションによるmGluR(代謝性グルタミン酸受容体)の解析
  3. 題目:高リン食摂取がラット肝臓および白色脂肪組織遺伝子発現に及ぼす影響

平成23年度審査会(平成24年2月13日)

  1. 題目:粗視化力場MARTINIを用いたタンパク質-リガンド結合シミュレーション
  2. 題目:味覚修飾タンパク質ネオクリンのpHに依存した立体構造変化の検出
  3. 題目:Glycine-related metabolism of Hydrogenobacter thermophilus TK-6
  4. 題目:Studies on piRNA-based defense system against transposons in germ line cells

平成22年度審査会(平成23年2月9日/2月14日)

  1. 題目:絶食後再給餌がラット末梢臓器の遺伝子発現に与える影響の網羅的解析
  2. 題目:プラスミドpCAR1と宿主染色体にコードされるH-NS様因子群による協調的転写制御機構の解明

平成21年度審査会(平成22年2月17日)

  1. 題目:宿主の違いに応じて転写変動するプラスミド上の遺伝子の探索とそれら遺伝子が各宿主の形質に及ぼす影響
  2. 題目:Application of gene expression analysis for clinical diagnosis of canine liver parenchymal disease
  3. 題目:計算科学的手法を用いた酵素設計:p-hydroxybenzoate hydroxylase の基質特性の改変
  4. 題目:複合培養系を用いた腸管上皮細胞とマクロファージ様細胞との相互作用の解析

平成20年度審査会(平成21年2月13日)

  1. 題目:Bayesian Inference of Viral Recombination: Topology distance between DNA segments and its distribution (ウイルスゲノム組換えのベイズ推定:DNA 部分配列の間のトポロジー距離とその分布)
  2. 題目:数理モデルによるBt抵抗性変異体の個体群動態予測とアミノ酸配列解析による毒素タンパク質の受容体結合部位の検討
  3. 題目:Analysis of gonadal Piwi-interacting RNAs and transcriptome in the silkworm,Bombyx mori(カイコ生殖巣におけるPiwi-interacting RNA とトランスクリプトームの解析)
  4. 題目:分子動力学シミュレーションによるall-βタンパク質のフォールディングシミュレーション
  5. 題目:BLAST と機械学習を用いたアミノ酸配列からのレクチンの予測
  6. 題目:味蕾細胞特異的に発現する遺伝子の探索とその機能解析
  7. 題目:Novosphingobium sp. KA1 株由来carbazole 1,9-dioxygenase における特異な電子伝達様式を支配するputidaredoxin 型フェレドキシンの機能の解明
  8. 題目:分解プラスミドpCAR1 を保持するP. putida KT2440 株におけるH-NS 様因子を介したプラスミド・染色体機能の協調的制御機構の解明
  9. 題目:IncP-7 群プラスミドpCAR1 と宿主染色体との相互作用の多様性