授業の目標・概要

次世代シーケンサーの普及により、ゲノム情報を基盤とした膨大な塩基配列情報を自在に解析するスキルが要求される時代になっています。 フリーソフトRを用いた配列決定後の基礎情報取得など、各種配列解析の基本スキル向上を目指した実習を含む講義を行います。

担当教員

門田幸二 (東大・農・アグリバイオ / 准教授)

参考図書

藤博幸・編、よくわかるバイオインフォマティクス入門、講談社、2018
坊農秀雅・小野浩雅・監修、生命科学データベース・ウェブツール、MEDSi、2018
坊農秀雅 著、Dr.Bonoの生命科学データ解析、MEDSi、2017

お知らせ

講義では、Rの様々なパッケージを利用します。
持ち込み用PC利用希望者は インストール | について を参考にしてR本体および必要なパッケージ群を必ずインストールしておいてください。

講義日程(2019年度)

  1. 2019年04月08日(PC使用)
  2. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.09)
    学会(国外):ISCB
    学会(国内):JSBi
    QAサイト:Biostar (Parnell et al., PLoS Comput Biol., 2011)
    QAサイト:SEQanswers (Li et al., Bioinformatics, 2012)
    学習教材:バイオインフォマティクス人材育成のための講習会(平成26-29年度)
    学習教材:(Rで)塩基配列解析
    学習教材:(Rで)塩基配列解析のサブ
    RStudio

  3. 2019年04月15日(PC使用)
  4. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.15)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)塩基配列解析のサブ

  5. 2019年04月22日(PC使用)
  6. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.23)
    課題:docx版PDF版
    (Rで)塩基配列解析
    hoge8.fa (課題用)
    Bioconductor
    CRAN

  7. 2019年05月13日(PC使用)
  8. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.25)
    (Rで)塩基配列解析のサブ
    out_gapClosed.fa (約2.3MB)
    (Rで)塩基配列解析
    DFASTTanizawa et al., Bioinformatics, 2018
    DFAST実行結果:genome.fna
    DFAST実行結果:annotation.gff
    DFAST実行結果:cds.fna
    課題:docx版PDF版

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年04月16日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)

  3. 平成30年04月23日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge7.fa (課題用)

  5. 平成30年05月07日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    kadai_20180507.fasta (課題用)

  7. 平成30年05月14日(PC使用)
  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20180514.fasta
    CRISPR/Cas9のガイドRNA設計:CRISPRdirect
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年04月17日(PC使用)

  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)
  3. 平成29年04月18日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge6.fa (課題用)
  5. 平成29年04月24日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    kadai_20170424.fa (課題用;約1.5MB)
  7. 平成29年05月01日(PC使用)

  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20170501.fasta
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年04月11日(PC使用)

  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)
  3. 平成28年04月18日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge5.fa (課題用)
  5. 平成28年04月25日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
  7. 平成28年05月02日(PC使用)

  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20160502_win.fasta(Windows用)
    塩基配列集:seq_20160502_mac.fasta(Macintosh用)
    塩基配列集:seq_20160502_linux.fasta(Linux用; Macintosh用?!)
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年04月07日(PC使用)

  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版)
    講義資料PDF(Mac版)
  3. 平成27年04月14日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    rcode_20140908.txt
    sample4.fasta
  5. 平成27年04月21日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    Huber et al., Nat Methods, 2015
  7. 平成27年04月28日(PC使用)

  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20150428.fasta
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年04月09日(PC使用)

  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料
    (Rで)塩基配列解析
  3. 平成26年04月23日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二
    課題の回答やコメント:20140423_kadaikaitou.pdf
    講義資料
  5. 平成26年04月30日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料
    課題の回答やコメント:20140430_kadaikaitou.pdf
  7. 平成26年05月7日(PC不使用)

  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年04月08日(PC使用)

  2. 講師:門田幸二(17:15-18:45)
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講師:中井雄治(19:00-20:30)
    ジーンオントロジーとその利用法
    sample1.txt
    sample2.txt

  3. 平成25年04月15日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二(17:15-20:30)
    参考ウェブページ:R-Tips
    参考ウェブページ:(Rで)塩基配列解析

  5. 平成25年04月19日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透

  7. 平成25年04月26日(PC不使用)

  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年04月16日(PC使用)

  2. 講師:嶋田 透(17:15-18:45)

    講師:門田幸二(19:00-20:30)
    120416.html

  3. 平成24年04月23日(PC使用)

  4. 講師:門田幸二
    参考ウェブページ:R-Tips
    参考ウェブページ:(Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメントへのコメント:20120423_response.pdf

  5. 平成24年05月07日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透

    講師:中井雄治
  7. 平成24年05月14日(PC不使用)

  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年04月21日(PC使用)

  2. 講師:大島研郎
  3. 平成23年04月28日(PC使用)

  4. 講師:嶋田 透
    講義のページ
    講師:門田幸二
    110428.html

  5. 平成23年05月12日(PC使用)

  6. 講師:嶋田 透
    講師:中井雄治
  7. 平成23年05月19日(PC不使用)

  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年04月15日(PC使用)
  2. 平成22年05月10日(PC使用)
  3. 100510.html
  4. 平成22年05月24日(PC使用)
  5. 平成22年06月07日(PC不使用)