授業の目標・概要

ゲノムを比較して進化と環境への適応、集団の構造を理解する方法についてご紹介します。また、統計モデルを通して、表現型と生物配列の情報を統合して分析するアプローチを学びます。

担当教員

岸野洋久 (東大・農・生産・環境生物学専攻 / 教授)
北田修一 (東京海洋大学 / 名誉教授)
中道礼一郎 (水産生命情報研究センター / 研究員)

受講上の注意

本講義では、以下のフリーソフトを使用します。個人所有のPCを持ち込まれる方は、あらかじめこれらのソフトウェアをインストールしておいてください。

インストールができなかったものに関しては事務局でUSBを貸し出します。

特に事前の知識は仮定しませんが、統計言語Rを通して統計解析とモデリングのエッセンスを紹介しますので、使い方などある程度ご準備ください。

講義では、Rを利用します。持ち込み用PC利用希望者は インストール | についてパッケージのインストール方法を参考にして を参考にしてR本体および必要なパッケージ群を必ずインストールしておいてください。Macの場合はこちらを参考にしてください。

本講義で使用するパッケージは以下の通りです。特にFinePopは最新版の1.5.0のパッケージをインストールしてください。

  • ape
  • FinePop
  • rgl
  • mclust
  • parallel
  • igraph

講義を受講する際は、実習のデータ保存をするためUSBメモリ等を必ず持参して下さい。

講義資料は配布しません。紙媒体の資料は個人で印刷して持参して下さい。

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年06月05日(岸野)
  2. 平成30年06月06日(岸野)
  3. 平成30年06月07日(中道/北田)
  4. 平成30年06月08日(岸野)

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年05月23日
  2. 平成29年05月24日
  3. 平成29年05月25日
  4. 平成29年05月26日

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年05月20日
  2. 平成28年05月27日
  3. 平成28年06月10日
  4. 平成28年06月17日

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年05月20日
  2. 平成27年05月27日
  3. 平成27年06月10日
  4. 平成27年06月17日

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年05月15日
  2. 平成26年05月22日
  3. 平成26年06月05日
  4. 平成26年06月12日

参考論文

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年07月09日
  2. 平成25年07月10日
  3. 平成25年07月11日
  4. 平成25年07月12日

参考論文

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年07月23日
  2. 平成24年07月24日
  3. 平成24年07月25日
  4. 平成24年07月26日

参考論文

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年05月23日(PC不使用)
  2. 平成23年06月06日(PC使用)
  3. 平成23年06月13日(PC使用)
  4. 平成23年06月21日(PC使用)

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年04月23日(PC使用)
  2. 平成22年05月14日(PC使用)
  3. 平成22年06月04日(PC使用)
  4. 平成22年07月08日(PC使用)