授業の目標・概要

クラウド解析環境の整備により、今日ではゲノムをはじめとする様々なオームレベルの解析を簡便に実行できます。しかし多くの学生は、数式やアルゴリズムに対して苦手意識をもっています。本科目では、ゲノム配列中のある特徴をもった領域を同定する問題に焦点を絞り、基本的な考え方や性能評価指標など、アルゴリズム開発系研究者の思考回路を丁寧に解説します。具体的には、ゲノム配列中のCpGアイランド（CGI）領域を同定する問題に対して、最適化アルゴリズムの一種である粒子群最適化（PSO）を適用する事例の解説を通じて、数式やパラメータなどに対する苦手意識の払しょくを目指します。

担当教員

門田幸二 （東大・農・アグリバイオ / 准教授）

教科書

門田幸二、清水謙多郎、岸野洋久、寺田透　共編著、Web連携テキスト　バイオ インフォマティクス　基礎から応用、培風館、2022

お知らせ

この講義は集中講義です。講義時間は他の講義と異なり、13:00-17:00です。

この講義は「ゲノム情報解析基礎」および「機能ゲノム学」の一部とも関連していますので、併せて履修することをおすすめします。

東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。

この講義はZoomを用いて実施します。アグリバイオの教科書の付録ページの「R1.010 R本体とRStudioとパッケージのインストール」および「R1.020 RStudioの基本的な利用法」を予め行っておいてください。

講義日程（2024年度）

  1. 2024年10月2日
  2. 2024年10月9日
  3. 2024年10月16日

講義日程（2023年度）

  1. 2023年10月04日
  2. 2023年10月11日
  3. 2023年10月18日

講義日程（2020年度）

  1. 2020年6月4日
  2. 2020年6月11日
  3. 2020年6月18日
  4. 2020年6月25日

講義日程（平成28年度）

  1. 平成28年9月5日(PC不使用)
    講師：西 達也
  2. 平成28年9月6日(PC不使用)
    講師：黒田真也
  3. 平成28年9月7日(PC使用)
    講師：有田正規
  4. 平成28年9月8日(PC使用)
    講師：有田正規

講義日程（平成27年度）

  1. 平成27年6月5日
    講師：西 達也
  2. 平成27年6月12日
    講師：古園さおり
  3. 平成27年6月19日
    講師：古園さおり
  4. 平成27年6月26日
    講師：中井雄治

講義日程（平成26年度）

  1. 平成26年5月23日
    講師：中井雄治
  2. 平成26年5月30日
    講師：古園さおり
  3. 平成26年6月6日
    講師：古園さおり
  4. 平成26年6月13日
    講師：中井雄治

講義日程（平成25年度）

  1. 平成25年5月22日（PC不使用）
    講師：中井雄治
  2. 平成25年5月29日（PC不使用）
    講師：勝間 進
  3. 平成25年6月5日（PC使用）
    講師：門田幸二
  4. 平成25年6月12日（PC使用）
    講師：門田幸二

講義日程（平成24年度）

  1. 平成24年5月23日（PC不使用）
    講師：中井雄治
  2. 平成24年5月30日（PC不使用）
    講師：勝間 進
  3. 平成24年6月6日（PC使用）
    講師：門田幸二
  4. 平成24年6月13日（PC使用）
    講師：門田幸二

講義日程（平成23年度）

  1. 平成23年6月20日（PC不使用）
    講師：中井雄治
    演題：「プロテオーム解析基礎、プロテオミクスの応用」
    時間：17:15-20:30
  2. 平成23年6月27日（PC不使用）
    講師：勝間 進
    演題：「マイクロアレイの作成法と応用的使用法（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「マイクロアレイデータ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
  3. 平成23年7月4日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「電気泳動データ解析におけるバイオインフォマティクス」および「実習のイントロダクション」
    時間：17:15-20:30
  4. 平成23年7月11日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「トランスクリプトームデータ解析実習」
    時間：17:15-20:30

講義日程（平成22年度）

  1. 平成22年4月27日（PC不使用）
    講師：中井雄治
    演題：「プロテオーム解析基礎、プロテオミクスの応用」
    時間：17:15-20:30
  2. 平成22年5月18日（PC不使用）
    講師：有田正規
    演題：「メタボローム（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「電気泳動データ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
  3. 平成22年6月1日（PC不使用）
    講師：勝間 進
    演題：「マイクロアレイの作成法と応用的使用法（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「マイクロアレイデータ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
  4. 平成22年6月15日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「トランスクリプトームデータ解析実習」
    時間：17:15-20:30