授業の目標・概要

農業生産、発酵を含む農産物生産、排水処理、環境浄化には、目に見えない微生物の力が利用されている。また、地球規模で考えれば、炭素・窒素・リン・鉄など種々の元素の循環に、微生物はメインプレーヤーの一つとして活躍している。一方で、微生物は目に見えず、多数の種で構成される集団として生活していることから、解析では情報科学的手法が使われることが多い。本特論では、環境微生物研究にどの様にインフォマティクスが利用され、興味深い知見が得られているのかを学ぶ。


担当教員

野尻秀昭 (東大・農 / 教授)
大利徹(北海道大学大学院工学研究院)
永田裕二(東北大学大学院生命科学研究科)
新谷政己(静岡大学学術院工学領域化学バイオ工学系列)
野田尚宏(産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門)

レポート課題

  • 下記の4つの課題に対し、それぞれA4サイズ用紙1~2ページで解答せよ。
  • なお、4つの課題への解答は別々のファイルとし、'report@iu.a.u-tokyo.ac.jp' 宛てにメール添付で提出。
  • 提出期限:2019年9月6日(金)
  • 注意:レポートには、氏名、学生証番号(もしくは受講生ID)、を明記すること。

  • (1)バイオインフォマティクスを駆使した「近未来生化学」について論ぜよ。(大利)
    (2)細菌のゲノム配列を「コンプリート」することで「ドラフト配列」からは得られないどのような情報が得られるか、実例を挙げてまとめよ。実例は講義で扱ったものでも関連文献を調べたものでも良い。(永田)
    (3)環境微生物学分野で、大量のデータを一度に解析することで可能になったことと、そのことによって生じる今後の課題についてまとめよ。(新谷)
    (4)環境中の微生物叢解析に利用されている技術を1つあげて、その原理・特徴などを述べよ。(野田)

お知らせ

講義時間は他の講義と異なり、13:00-16:40です。
講義室は第1回から第4回まで農学部2号館1階化学第3講義室で実施することになりました。 NEW!!

講義日程(2019年度)

  1. 2019年07月03日
    講師:大利徹
    演題:比較ゲノムにより見出した微生物新規一次代謝経路の解明
    lecture1.pdf

  2. 2019年07月10日
    講師:永田裕二
    演題:ゲノム・メタゲノム情報から細菌の環境適応・進化に迫る

  3. 2019年07月31日
    講師:新谷政己
    演題:バイオインフォマティクスを利用して微生物の進化・適応を促進する可動性 遺伝因子の挙動を理解する

  4. 2019年08月05日
    講師:野田尚宏
    演題:微生物叢解析からバイオ計測技術の標準化まで 〜生体分子解析の古今東西〜

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年11月22日(木)
    講師大利徹(北海道大学大学院工学研究院)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:弥生講堂アネックス エンゼル研究棟 講義室
    演題:「比較ゲノムにより見出した微生物新規一次代謝経路の解明」

  2. 平成30年12月13日(木)
    講師新谷政己(静岡大学学術院工学領域化学バイオ工学系列)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:弥生講堂アネックス エンゼル研究棟 講義室
    演題:「バイオインフォマティクスを利用して微生物の進化・適応を促進する可動性 遺伝因子の挙動を理解する」

  3. 平成30年12月21日(金)
    講師永田裕二(東北大学大学院生命科学研究科)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:弥生講堂アネックス エンゼル研究棟 講義室
    演題:「ゲノム・メタゲノム情報から細菌の環境適応・進化に迫る」

  4. 平成31年1月9日(水)
    講師野田尚宏(産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:弥生講堂アネックス エンゼル研究棟 講義室
    演題:「微生物叢解析からバイオ計測技術の標準化まで ~生体分子解析の古今東西~」

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年10月3日(火)
    講師野田尚宏(産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:農学部2号館1階化学第3講義室
    演題:微生物叢解析からバイオ計測技術の標準化まで 生体分子解析の古今東西
  2. 平成29年10月5日(木)
    講師鈴木治夫(慶應義塾大学環境情報学部)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:農学部2号館1階化学第3講義室
    演題:バイオインフォマティクス・データスキル
    参考講義ウェブサイト
    参考教科書
    参考SFC の授業ウェブサイト
  3. 平成29年10月10日(火)
    講師大島拓(富山県立大学生物工学科)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:農学部2号館1階化学第3講義室
    演題:核様体−タンパク質相互作用解析により明らかになった細菌の多様な転写制御機構
  4. 平成29年10月17日(火)
    講師西田洋巳(富山県立大学生物工学科)
    時間:13:00~16:40(3・4限)
    場所:農学部2号館1階化学第3講義室
    演題:バクテリアのスフェロプラスト巨大化のバイオインフォマティクス

講義日程(平成25年度)

内容などについては随時WEB上で公開します。

  1. 平成25年05月14日(火)
    講師伏信進矢(東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻・教授)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:グリコシド結合を切断する酵素の反応機構
  2. 平成25年05月21日(火)
    講師富井健太郎(産業技術総合研究所生命情報工学研究センター細胞システム解析チーム・チーム長)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:タンパク質立体構造情報解析とその応用
  3. 平成25年05月28日(火)
    講師池口満徳(横浜市大大学院生命医科学研究科生命医科学専攻・准教授)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:生体系の分子シミュレーション
  4. 平成25年06月04日(火)
    講師本間光貴(理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター構造・合成生物学部門制御分子設計研究チーム・チームリーダー)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:タンパク質構造情報とリガンド情報を最大限活用したインシリコスクリーニングを目指して
  5. 平成25年06月10日(月)
    講師石橋純(農業生物資源研究所遺伝子組換え研究センター昆虫機能研究開発ユニット・主任研究員)
    時間:14:50-16:30(4限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:昆虫免疫研究におけるインフォマティクスの利用
  6. 平成25年06月28日(金)
    講師由良敬(お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科・教授)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:転写因子のDNA結合部位とターゲット配列の予測—バクテリアの転写ネットワークの予測に向かって—
  7. 平成25年07月02日(火)
    講師金城玲(大阪大学蛋白質研究所・准教授)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:蛋白質相互作用部位の複合構造モチーフと生物学的機能の差異
  8. 平成25年07月26日(金)
    講師成田年(星薬科大学・教授)
    時間:13:00-14:40(3限)
    場所:農学部2号館1階化学第三講義室
    演題:生体防御反応が自制を失うメカニズム:痛み反応の統合的分子理解

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年06月19日(火)
    「植物の栄養吸収と栄養に対する応答」
    藤原徹 (東大・農・応生化)
  2. 平成24年06月20日(水)
    「遺伝子発現解析と大規模オミックス情報の活用法」
    矢野健太郎 (明治大学・農)
  3. 平成24年06月21日(木)
    「微生物機能を活用したものづくりとその基盤研究」
    川崎寿 (東京電機大・工)
  4. 平成24年06月28日(木)
    「逆転または分断化遺伝子と新奇RNAプロセシング機構~遺伝情報は素直にかきこまれていない」
    相馬亜希子 (千葉大・園芸)
  5. 平成24年07月05日(木)
    「メタゲノムとメタトランスクリプトーム解析」
    近藤伸二 (極地研)
  6. 平成24年07月10日(火)
    「農業と放射線」
    中西友子 (東大・農・応生化)
  7. 平成24年07月12日(木)
    ゲノム塩基組成の偏りと生物機能
    西田洋巳 (東大・農・アグリバイオ)