授業の目標・概要

塩基配列決定とその周辺技術の進歩に伴い、インフォマティクス側も実験機器の特性を的確に把握したうえでデータを取り扱うスキルが要求される時代になっています。 本科目では、ゲノム情報解析分野の全般的な動向、公共塩基配列データベース全般、そしてメタゲノム解析に関する実習を含む講義を行います。

担当教員

門田幸二 (東大・情報学環・アグリバイオ / 准教授)
児玉悠一 (国立遺伝学研究所 / 特任研究員)
森 宙史 (国立遺伝学研究所 / 准教授)

参考図書

藤博幸・編、よくわかるバイオインフォマティクス入門、講談社、2018
長田直樹、進化で読み解くバイオインフォマティクス入門、森北出版、2019
坊農秀雅、生命科学者のためのデータ解析実践道場、MEDSi、2021

お知らせ

講義では、Rの様々なパッケージを利用します。

この講義はZoomを用いて実施します。ソフトウェアのインストールページを参照し、各自のPCに必要なソフトウェアを予めインストールしてください。

講義日程(2022年度)

  1. 2022年4月5日(PC使用)
  2. 講師:門田 幸二
  3. 2022年4月12日(PC使用)
  4. 講師:児玉 悠一
  5. 2022年4月19日(PC使用)
  6. 講師:森 宙史
  7. 2022年4月26日(PC使用)
  8. 講師:森 宙史

講義日程(2021年度)

  1. 2021年4月6日(PC使用)
  2. 講師:門田 幸二
  3. 2021年4月13日(PC使用)
  4. 講師:児玉 悠一
  5. 2021年4月20日(PC使用)
  6. 講師:森 宙史
  7. 2021年4月27日(PC使用)
  8. 講師:森 宙史

講義日程(2020年度)

  1. 2020年4月13日(PC使用)
  2. 講師:門田 幸二
    講義資料PDF(最終更新:2020.04.13)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)塩基配列解析のサブ
    RStudio

  3. 2020年4月14日(PC使用)
  4. 講師:児玉 悠一

  5. 2020年4月21日(PC使用)
  6. 講師:森 宙史

  7. 2020年4月28日(PC使用)
  8. 講師:森 宙史

講義日程(2019年度)

  1. 2019年4月8日(PC使用)
  2. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.09)
    学会(国外):ISCB
    学会(国内):JSBi
    QAサイト:Biostar (Parnell et al., PLoS Comput Biol., 2011)
    QAサイト:SEQanswers (Li et al., Bioinformatics, 2012)
    学習教材:バイオインフォマティクス人材育成のための講習会(平成26-29年度)
    学習教材:(Rで)塩基配列解析
    学習教材:(Rで)塩基配列解析のサブ
    RStudio

  3. 2019年4月15日(PC使用)
  4. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.15)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)塩基配列解析のサブ

  5. 2019年4月22日(PC使用)
  6. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.23)
    課題:docx版PDF版
    (Rで)塩基配列解析
    hoge8.fa (課題用)
    Bioconductor
    CRAN

  7. 2019年5月13日(PC使用)
  8. 講義資料PDF(最終更新:2019.04.25)
    (Rで)塩基配列解析のサブ
    out_gapClosed.fa (約2.3MB)
    (Rで)塩基配列解析
    DFASTTanizawa et al., Bioinformatics, 2018
    DFAST実行結果:genome.fna
    DFAST実行結果:annotation.gff
    DFAST実行結果:cds.fna
    課題:docx版PDF版

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年4月16日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)

  3. 平成30年4月23日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge7.fa (課題用)

  5. 平成30年5月7日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    kadai_20180507.fasta (課題用)

  7. 平成30年5月14日(PC使用)
  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20180514.fasta
    CRISPR/Cas9のガイドRNA設計:CRISPRdirect
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年4月17日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)

  3. 平成29年4月18日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge6.fa (課題用)

  5. 平成29年4月24日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    kadai_20170424.fa (課題用;約1.5MB)

  7. 平成29年5月1日(PC使用)
  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20170501.fasta
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年4月11日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版;完全版)
    講義資料PDF(Mac版;Rの説明部分のみ)

  3. 平成28年4月18日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    hoge5.fa (課題用)

  5. 平成28年4月25日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析

  7. 平成28年5月2日(PC使用)
  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20160502_win.fasta(Windows用)
    塩基配列集:seq_20160502_mac.fasta(Macintosh用)
    塩基配列集:seq_20160502_linux.fasta(Linux用; Macintosh用?!)
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    piRNAデータベース:piRNA cluster database
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年4月7日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講義資料PDF(Win版)
    講義資料PDF(Mac版)

  3. 平成27年4月14日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    rcode_20140908.txt
    sample4.fasta

  5. 平成27年4月21日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    Huber et al., Nat Methods, 2015

  7. 平成27年4月28日(PC使用)
  8. 講師:勝間 進
    塩基配列集:seq_20150428.fasta
    siRNAの設計:siDirect
    miRNAの検索:miRBase
    piRNAデータベース:piRBase
    piRNAデータベース:piRNABank
    カイコのトランスクリプトームデータベース:SilkBase

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年4月9日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料
    (Rで)塩基配列解析

  3. 平成26年4月23日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    課題の回答やコメント:20140423_kadaikaitou.pdf
    講義資料

  5. 平成26年4月30日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:門田幸二
    講義資料
    課題の回答やコメント:20140430_kadaikaitou.pdf

  7. 平成26年5月7日(PC不使用)
  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年4月8日(PC使用)
  2. 講師:門田幸二(17:15-18:45)
    バイオインフォマティクス基礎知識
    講師:中井雄治(19:00-20:30)
    ジーンオントロジーとその利用法
    sample1.txt
    sample2.txt

  3. 平成25年4月15日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二(17:15-20:30)
    参考ウェブページ:R-Tips
    参考ウェブページ:(Rで)塩基配列解析

  5. 平成25年4月19日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透

  7. 平成25年4月26日(PC不使用)
  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年4月16日(PC使用)
  2. 講師:嶋田 透(17:15-18:45)
    講師:門田幸二(19:00-20:30)
    120416.html

  3. 平成24年4月23日(PC使用)
  4. 講師:門田幸二
    参考ウェブページ:R-Tips
    参考ウェブページ:(Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメントへのコメント:20120423_response.pdf

  5. 平成24年5月7日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:中井雄治
  7. 平成24年5月14日(PC不使用)

  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年4月21日(PC使用)
  2. 講師:大島研郎
  3. 平成23年4月28日(PC使用)
  4. 講師:嶋田 透
    講義のページ
    講師:門田幸二
    110428.html

  5. 平成23年5月12日(PC使用)
  6. 講師:嶋田 透
    講師:中井雄治
  7. 平成23年5月19日(PC不使用)
  8. 講師:嶋田 透

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年4月15日(PC使用)
  2. 平成22年5月10日(PC使用)
  3. 100510.html
  4. 平成22年5月24日(PC使用)
  5. 平成22年6月7日(PC不使用)