各講義のページ
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| カテゴリー | 科目名 | ||
|---|---|---|---|
| 基礎 | 生物配列解析基礎 | ||
| 生命科学のためのデータベースの利用と基本的な解析手法について講義します。配列データベースや機能データベースの使用法を紹介するとともに、ホモロジー検索、モチーフ解析、Pythonプログラミング、系統解析などの基本的な手法について、実習形式で解説します。 | |||
| ゲノム情報解析基礎 | |||
| ゲノム情報解析分野の全般的な動向、公共塩基配列データベース全般、そしてメタゲノム解析に関する実習を含む講義を行います。 | |||
| バイオスタティスティクス基礎論 | |||
| 統計解析ソフトウエアRを用いてバイオスタティスティクス基礎（生物統計学基礎）を学びます。初めてRを使用する受講生を対象に考えています。 | |||
| 構造バイオインフォマティクス基礎 | |||
| タンパク質立体構造データベースの利用とその応用について解説します。また、立体構造決定における情報処理手法について解説します。 | |||
| 方法論 | 知識情報処理論 | ||
| パターン認識と機械学習の手法の紹介を行います。最終的にこれらの手法の基本的な概念を会得し、「各自が直面するであろう研究的な課題」に適用し、計算機を用いて実験データから発見ができる（もしくはその手がかりを見つける）ことを目標とします。 | |||
| 生物配列統計学 | |||
| 開講せず | |||
| 分子モデリングと分子シミュレーション | |||
| 分子軌道法、分子力学法、分子動力学法、モンテカルロ法、およびこれらの応用である複合体モデリングについて解説し、実習を行います。 | |||
| オーム情報解析 | |||
| ゲノム配列中のある特徴をもった領域を同定する問題に焦点を絞り、基本的な考え方や性能評価指標など、アルゴリズム開発系研究者の思考回路を丁寧に解説します。 | |||
| 機能ゲノム学 | |||
| ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、ゲノムサイズ推定など様々な目的で利用されるk-mer出現頻度解析、染色体構造解析、および単一細胞RNA-seq解析に関する講義を行います。 | |||
| システム生物学概論 | |||
| 「生命をシステムとして理解する」ために必要な、オミックス情報解析の統計的、グラフ論的手法について解説します。 | |||
| フィールドインフォマティクス | |||
| オミクス情報を最大限に活用した育種、および生産の効率化・最適化を実現するために必要となるフィールドインフォマティクスの理論と技術を実習形式で解説します。 | |||
| 先端 トピックス |
農学生命情報科学特論I | ||
| 農学生命科学の分野で利用されるPythonの最新事例を紹介しながらPythonの基礎文法の講義を行います。 | |||
| 農学生命情報科学特論II | |||
| 各作物栽培系でシミュレーションモデルを構築していくための基礎を学びます。植物の生育や、植物と気象の関係、植物生理学的な生命現象を数理モデル化し、シミュレーションする基礎的技術を身につけます。 | |||
| 農学生命情報科学特論III | |||
| 生態調和農学機構の温室内に設置した環境センサーのデータを利用して、環境モニタリングに関する簡単なデータ処理プログラムの作成を行います。 | |||
| 農学生命情報科学特論IV | |||
| 開講せず | |||