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各講義の詳細

基礎

科目番号 科目名
内容および担当教員
3912135
 		 生物配列解析基礎
生命科学のためのデータベースの利用と基本的な解析手法について講義します。配列データベースや機能データベースの使用法を紹介するとともに、ホモロジー検索、モチーフ解析、Pythonプログラミング、系統解析などの基本的な手法について、実習形式で解説します。
担当教員：清水 謙多郎、大島 研郎、門田幸二
3912136 ゲノム情報解析基礎
ゲノム情報解析の基礎な事柄やメタゲノム解析について解説します。また、バイオインフォマティクス分野で頻用されるk-mer解析について解説します。
担当教員：門田 幸二、森 宙史
3912103 バイオスタティスティクス基礎論
統計解析ソフトウエアRを用いてバイオスタティスティクス基礎（生物統計学基礎）を学びます。初めてRを使用する受講生を対象に考えています。
担当教員：岩田 洋佳
3912139 構造バイオインフォマティクス基礎
タンパク質立体構造データベースの利用とその応用について解説します。また、立体構造決定における情報処理手法について解説します。
担当教員：寺田 透、永田 宏次、川端 猛

方法論

科目番号 科目名
内容および担当教員
3912137 知識情報処理論
コンピュータが知識や情報をどのように処理しているかを可視化しながら学び、機械学習の本質を理解することを目指します。
担当教員：孫 建強
3912105 生物配列統計学
今年度は開講しません
3912106 分子モデリングと分子シミュレーション
分子軌道法、分子力学法、分子動力学法、モンテカルロ法、およびこれらの応用である複合体モデリングについて解説し、実習を行います。
担当教員：寺田 透
3912138 オーム情報解析
ゲノム配列中のある特徴をもった領域を同定する問題に焦点を絞り、基本的な考え方や性能評価指標など、アルゴリズム開発系研究者の思考回路を丁寧に解説します。
担当教員：門田 幸二
3912108 機能ゲノム学
ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、Linux基礎、比較ゲノム解析、染色体構造解析、および単一細胞解析について解説します。
担当教員：門田 幸二、谷澤 靖洋、東 光一
3912109 システム生物学概論
「生命をシステムとして理解する」ために必要な、オミックス情報解析の統計的、グラフ論的手法について解説します。
担当教員：有田 正規
3912157 フィールドインフォマティクス
オミクス情報を最大限に活用した育種、および生産の効率化・最適化を実現するために必要となるフィールドインフォマティクスの理論と技術を実習形式で解説します。
担当教員：大森 良弘、井澤 毅、岩田 洋佳、郭 威、反田 直之

先端トピックス

科目番号 科目名
内容および担当教員
3912111 農学生命情報科学特論I
農学生命科学の分野で利用されるPythonの最新事例を紹介しながらPythonの基礎文法の講義を行います。
担当教員：孫 建強
3912112 農学生命情報科学特論II
各作物栽培系でシミュレーションモデルを構築していくための基礎を学びます。植物の生育や、植物と気象の関係、植物生理学的な生命現象を数理モデル化し、シミュレーションする基礎的技術を身につけます。
担当教員：櫻井 玄、大森 良弘
3912140 農学生命情報科学特論III
生態調和農学機構の温室内に設置した環境センサーのデータを利用して、環境モニタリングに関する簡単なデータ処理プログラムの作成を行います。
担当教員：越塚 登、小林 真輔、大森 良弘
3912141 農学生命情報科学特論IV
農業生産、発酵を含む農産物生産、排水処理、環境浄化には、目に見えない微生物の力が利用されています。本特論では、環境微生物研究にどの様にインフォマティクスが利用され、興味深い知見が得られているのかを学びます。
担当教員：野尻 秀昭、野田 尚宏、松井 求、新谷 政己、浦山 俊一、西村 陽介、平岡 聡史、西川 洋平

先端トピックス 農学生命情報科学特別演習 農学生命情報科学特論I（プログラミング） 農学生命情報科学特論II 農学生命情報科学特論III 農学生命情報科学特論IV オーム情報解析 知識情報処理論 生物配列統計学 分子モデリングと分子シミュレーション 方法論 フィールドインフォマティクス 機能ゲノム学 システム生物学概論 バイオスタティスティクス基礎論 構造バイオインフォマティクス基礎 ゲノム情報解析基礎 生物配列解析基礎 基礎