授業の目標・概要

深層学習であろうと機械学習であろうと、解析データの性質を正しく理解し、適切な前処理を行うことが大事です。実践的な利用に重きをおいて、機械学習を用いた遺伝子発現データの分類問題を中心に解説します。カウントデータに特化したアルゴリズムの場合はそのまま適用できるものの、ランダムフォレストなどの汎用的なアルゴリズムの場合には適切なデータ変換が必要であることなどを解説します。

担当教員



お知らせ

今年度は開講しません。

講義日程（2020年度）

  1. 2020年6月4日
    講義資料PDF(最終更新：2020.06.05)
    (Rで)塩基配列解析
    sample51.txt
    20200604.R
    MLSeq：Goksuluk et al., Comput Methods Programs Biomed., 2019
  2. 2020年6月11日
    講義資料PDF(最終更新：2020.06.11)
    (Rで)塩基配列解析
    20200611.R
    MLSeqのDocument
  3. 2020年6月18日
    講義資料PDF(最終更新：2020.06.18)
    20200618.R
    data_phate.txt(講義資料と同じ数値でやりたいヒト用)
  4. 2020年6月25日
    講義資料PDF(最終更新：2020.06.26)
    20200625.R
    MLSeq
    sample51.txt

講義日程（平成28年度）

  1. 平成28年9月5日(PC不使用)
    講師：西 達也
  2. 平成28年9月6日(PC不使用)
    講師：黒田真也
  3. 平成28年9月7日(PC使用)
    講師：有田正規
  4. 平成28年9月8日(PC使用)
    講師：有田正規

講義日程（平成27年度）

  1. 平成27年6月5日
    講師：西 達也
  2. 平成27年6月12日
    講師：古園さおり
  3. 平成27年6月19日
    講師：古園さおり
  4. 平成27年6月26日
    講師：中井雄治
    ジーンオントロジーとその利用法
    sample1.txt
    sample2.txt
    sample3.txt
    sample4.txt

講義日程（平成26年度）

  1. 平成26年5月23日
    講師：中井雄治
  2. 平成26年5月30日
    講師：古園さおり
  3. 平成26年6月6日
    講師：古園さおり
  4. 平成26年6月13日
    講師：中井雄治
    ジーンオントロジーとその利用法
    sample1.txt
    sample2.txt
    sample3.txt
    sample4.txt

講義日程（平成25年度）

  1. 平成25年5月22日（PC不使用）
    講師：中井雄治
  2. 平成25年5月29日（PC不使用）
    講師：勝間 進
  3. 平成25年6月5日（PC使用）
    講師：門田幸二
    参考ウェブページ：(Rで)マイクロアレイデータ解析
  4. 平成25年6月12日（PC使用）
    講師：門田幸二
    参考ウェブページ：(Rで)マイクロアレイデータ解析

講義日程（平成24年度）

  1. 平成24年5月23日（PC不使用）
    講師：中井雄治
  2. 平成24年5月30日（PC不使用）
    講師：勝間 進
  3. 平成24年6月6日（PC使用）
    講師：門田幸二
    参考ウェブページ：(Rで)マイクロアレイデータ解析
  4. 平成24年6月13日（PC使用）
    講師：門田幸二
    (Rで)マイクロアレイデータ解析

講義日程（平成23年度）

  1. 平成23年6月20日（PC不使用）
    講師：中井雄治
    演題：「プロテオーム解析基礎、プロテオミクスの応用」
    時間：17:15-20:30
  2. 平成23年6月27日（PC不使用）
    講師：勝間 進
    演題：「マイクロアレイの作成法と応用的使用法（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「マイクロアレイデータ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
    参考：(Rで)マイクロアレイデータ解析
  3. 平成23年7月4日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「電気泳動データ解析におけるバイオインフォマティクス」および「実習のイントロダクション」
    時間：17:15-20:30
    参考1：rep-PCRやDGGEデータ解析用プログラム(土壌圏科学研究室の石井さん)
    参考2-1：Clustering-based peak alignmentプログラム(R-code.txt)
    参考2-2：講義資料中のサンプルデータ(data.txt)
  4. 平成23年7月11日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「トランスクリプトームデータ解析実習」
    時間：17:15-20:30
    参考：(Rで)マイクロアレイデータ解析

講義日程（平成22年度）

  1. 平成22年4月27日（PC不使用）
    講師：中井雄治
    演題：「プロテオーム解析基礎、プロテオミクスの応用」
    時間：17:15-20:30
  2. 平成22年5月18日（PC不使用）
    講師：有田正規
    演題：「メタボローム（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「電気泳動データ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
    参考1：rep-PCRやDGGEデータ解析用プログラム(土壌圏科学研究室の石井さん)
    参考2-1：Clustering-based peak alignmentプログラム(R-code.txt)
    参考2-2：講義資料中のサンプルデータ(data.txt)
  3. 平成22年6月1日（PC不使用）
    講師：勝間 進
    演題：「マイクロアレイの作成法と応用的使用法（仮題）」
    時間：17:15-18:45
    講師：門田幸二
    演題：「マイクロアレイデータ解析におけるバイオインフォマティクス」
    時間：19:00-20:30
    参考：(Rで)マイクロアレイデータ解析
  4. 平成22年6月15日（PC使用）
    講師：門田幸二
    演題：「トランスクリプトームデータ解析実習」
    時間：17:15-20:30
    参考1：(Rで)マイクロアレイデータ解析
    参考2：(Rで)塩基配列解析