10.システム生物学概論
授業の目標・概要
「生命をシステムとして理解する」ために必要な、オミックス研究データの統計的、グラフ論的手法について解説します。集中講義形式でビッグデータ、オミックス解析、ネットワーク解析といわれる分野の根底にある考え方(次元圧縮やスパースモデリング)を紹介します。また近年の研究動向も紹介します。
担当教員
有田正規 (国立遺伝学研究所 / 教授)
お知らせ
この講義は集中講義です。講義時間は他の講義と異なり、13:00-17:00です。
東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。
この講義はZoomを用いて実施します。ソフトウェアのインストールページを参照し、各自のPCに必要なソフトウェアを予めインストールしてください。
本講義では、以下のフリーソフトを使用します。あらかじめインストールしておいてください。
参考図書
- Systems Biology: Simulation of Dynamic Network States by Bernhard O
- Palsson, Cambridge Univ Press, 2011
- 「システム生物学入門」Uri Alon 著、倉田・宮野 訳 共立出版2008
- 「理論生物学概論」望月敦史 著 共立出版 2021
講義日程(2022年度)
- 2022年7月1日
- 2022年7月15日
- 2022年7月22日
講義日程(2021年度)
- 2021年6月11日
- 2021年6月18日
- 2021年6月25日
講義日程(2020年度)
- 2020年6月12日
- 2020年6月19日
- 2020年6月26日
講義日程(2019年度)
- 2019年6月7日(PC使用)化学第3講義室
- 2019年6月14日(PC使用)化学第3講義室
- 2019年6月21日(PC使用)化学第3講義室
講義日程(平成30年度)
- 平成30年6月4日(PC使用)化学第3講義室
- 平成30年6月11日(PC使用)化学第3講義室
- 平成30年6月18日(PC使用)午後:化学第3講義室
講義日程(平成29年度)
- 平成29年6月5日(PC使用)化学第3講義室
- 平成29年6月6日(PC使用)午前中:化学第1講義室 午後:化学第3講義室
- 平成29年6月7日(PC使用)午前中:化学第1講義室 午後:化学第3講義室
講義日程(平成27年度)
授業資料へのリンク- 平成27年7月16日(PC使用)
- 平成27年7月17日(PC使用)
講義日程(平成25年度)
- 平成25年5月23日(PC使用)
- 平成25年5月30日(PC使用)
- 平成25年6月4日(PC使用)
- 平成25年6月13日(PC使用)
講義日程(平成24年度)
- 平成24年5月29日(PC使用)
- 平成24年5月31日(PC使用)
- 平成24年6月5日(PC使用)
- 平成24年6月7日(PC使用)
講義日程(平成23年度)
授業資料のトップページへのリンク- 平成23年5月26日(PC使用) スケールフリーネットワーク
- 平成23年6月2日(PC使用) 代謝物の抽出
- 平成23年6月9日(PC使用) タンパク質の測定
- 平成23年6月16日(PC使用) Modularity
リンク解析、ページランク
ネットワーク用ソフトウェア
Cytoscape
代謝物の測定
代謝データベース
タンパク質データベース
CellDesigner
講義日程(平成22年度)
- 平成22年5月12日(PC不使用)
- 平成22年5月20日(PC不使用)
- 平成22年6月9日(PC不使用)
- 平成22年6月17日(PC使用)
- 反応拡散シミュレータ
- Pajek
- Cytoscape
File - Open - sampleData - galFiltered.cysを選択
- Systems Biology Institute (SBI)
- CellDesigner
File - Open - samples - sim2.xml
Simulation - ControlPanel - Execute
- E-cell
- Cell Illustator