概要

ICT やIoT 等の先端技術を活用し、効率よく高品質生産を可能にするスマート農業への取り組みは世界的に進められています。その基礎を支えている技術の一つがプログラミング言語。なかでも、習得しやすくかつ応用範囲の広いPython がとくに注目されています。これを受け本科目では、農学や分子生物学などの分野で利用されるPython の最新事例を紹介しながら、Python の基礎文法の講義を行います。

担当教員

孫 建強 (農研機構 / 主任研究員)

お知らせ

東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。

この講義はZoomを用いて実施します。ソフトウェアのインストールページを参照し、 各自のPCに必要なソフトウェア(Anaconda 2020.10 (Python 3.8) 以降のバージョン)を予めインストールしてください。

参考ウェブサイト

講義日程(2022年度)

  1. 2022年6月6日
  2. 2022年6月13日
  3. 2022年6月20日
  4. 2022年6月27日

講義日程(2021年度)

  1. 2021年6月8日
    講義資料PDF
    確認問題解答例
  2. 2021年6月15日
    講義資料PDF
    確認問題解答例
    1alk.fa
    ft.fa
    AF152096.gb
    1alk.cif.txt
    diversity_galapagos.txt
  3. 2021年6月22日
    講義資料PDF
    確認問題解答例
    rice.txt
    sleep_in_mammals.txt
    diversity_galapagos.txt
    trees.txt
    iris.txt
  4. 2021年6月29日
    講義資料PDF
    確認問題解答例

講義日程(2020年度)

  1. 2020年6月8日
    講義資料PDF
    確認問題.ipynb
  2. 2020年6月15日
    講義資料PDF
    ft.fa
    IWGSCv1.1.gff3
    1alk.cif.txt
    1alk.fa
    diversity_galapagos.txt
    確認問題.ipynb
  3. 2020年6月22日
    講義資料PDF
    rice.txt
    sleep_in_mammals.txt
    trees.txt
    iris.txt
    確認問題.ipynb
  4. 2020年6月29日
    講義資料PDF
    TAIR10_GFF3_genes.gff (42MB, arabidopsis.org)

講義日程(2019年度)

  1. 2019年7月1日 (PC使用)
    講義資料PDF(最終更新:2019.07.05)
    (Rで)塩基配列解析
    QuasRGaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    HTSeqAnders et al., Bioinformatics, 2015
    hoge10.txt
    htseq-countのページ
    hoge1.gtf
    sample_blekhman_36.txt
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
  2. 2019年7月8日 (PC使用)
    講義資料PDF(最終更新:2019.07.05)
    (Rで)塩基配列解析
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    Tang et al., BMC Bioinformatics, 2015
    Zhao et al., Biol. Proc. Online, 2018
    ReCount(website):Frazee et al., BMC Bioinformatics, 2011
    recount2(website):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    recount(R package):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    rse_gene.Rdata(SRP001558)
    rse_gene.Rdata(ERP000546)
  3. 2019年7月22日 (PC使用)
    講義資料PDF(最終更新:2019.07.17)
    kadai.txt
    (Rで)塩基配列解析
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    edgeRRobinson et al., Bioinformatics, 2010
    DESeqAnders and Huber, Genome Biol, 2010
    DESeq2Love et al., Genome Biol., 2014
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    Schurch et al., RNA, 2016
  4. 2019年7月29日 (PC使用)
    講義資料PDF(最終更新:2019.07.22)
    (Rで)塩基配列解析
    rcode_ORA_basic.txt
    rcode_Pickrell.txt

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年6月12日 (PC使用)
    講義資料PDF(約5MB; 2018.06.12版)
    (Rで)塩基配列解析
    QuasRGaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    HTSeqAnders et al., Bioinformatics, 2015
    hoge10.txt
    htseq-countのページ
    hoge1.gtf
    sample_blekhman_36.txt
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
  2. 平成30年6月19日 (PC使用)
    講義資料PDF(約4MB; 2018.06.20版)
    (Rで)塩基配列解析
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    Tang et al., BMC Bioinformatics, 2015
    Zhao et al., Biol. Proc. Online, 2018
    ReCount(website):Frazee et al., BMC Bioinformatics, 2011
    平成28年度NGSハンズオン講習会
    recount2(website):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    recount(R package):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    rse_gene.Rdata(SRP001558)
    rse_gene.Rdata(ERP000546)
  3. 平成30年6月26日 (PC使用)
    講義資料PDF(約3MB; 2018.06.27版)
    kadai.txt
    (Rで)塩基配列解析
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    edgeRRobinson et al., Bioinformatics, 2010
    DESeqAnders and Huber, Genome Biol, 2010
    DESeq2Love et al., Genome Biol., 2014
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    Schurch et al., RNA, 2016
  4. 平成30年7月3日 (PC使用)
    講義資料PDF(約4MB; 2018.07.03版)
    (Rで)塩基配列解析
    rcode_ORA_basic.txt
    rcode_Pickrell.txt

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年7月20日 (PC使用)
  2. 平成28年7月21日 (PC使用)
  3. 平成28年7月22日 (PC使用)

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年6月16日 (PC使用)
    (Rで)塩基配列解析
    講義資料PDF
  2. 平成27年6月23日 (PC使用)
    講義資料PDF
  3. 平成27年6月30日 (PC使用)
    講義資料PDF
  4. 平成27年7月7日 (PC使用)
    講義資料PDF

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年6月11日17:15-20:30 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成26年6月18日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140618_kadaikaitou.pdf
  3. 平成26年6月25日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140625_kadaikaitou.pdf
  4. 平成26年7月2日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140702_kadaikaitou.pdf

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年6月19日17:15-20:30 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成25年6月27日17:15-20:30 (PC使用)日程変更しました!
    講師:門田幸二
  3. 平成25年7月3日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
  4. 平成25年7月4日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年9月3日13:30-16:45 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成24年9月4日13:30-18:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
  3. 平成24年9月5日13:30-18:30 (PC使用)
    講師:門田幸二

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年7月26日13:00-20:00 (ゲノム(配列)解析系:浅川・徐)
    講師:浅川修一
    CpGPlot(塩基含量のグラフ作成)
    RepeatMasker(反復配列の除去)
    GENSCAN(遺伝子(エキソン)予測)
    Twinscan(遺伝子(エキソン)予測)
    MZEF(遺伝子(エキソン)予測)
    GrailEXP(遺伝子(エキソン)予測)
    BLAST(相同性検索)
    SMART(モチーフ・ドメイン検索)
    Pfam(モチーフ・ドメイン検索)
    InterPro(モチーフ・ドメイン検索)
    NCBI
    AgBI_asakawa.txt
    講師:徐 泰健
    comlist5.txt
  2. 平成23年7月27日13:00-20:00 (トランスクリプトーム解析系:門田)
    参考URL:(Rで)塩基配列解析

レポート提出締切:平成23年8月10日(二日間の講義共通)
メールの件名(Subject):「特論I課題 / 氏名 / 受講生番号

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年6月21日15:15-16:45
    講師:伏信進矢 先生(本研究科応用生命工学専攻)
    演題:「グリコシダーゼの反応機構に立体構造解析とコンピュータ解析で迫る」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  2. 平成22年6月28日15:15-16:45
    講師:石黒正路 先生(新潟薬科大学)
    演題:「タンパク質機能構造のモデリングと分子認識について」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  3. 平成22年7月5日13:30-15:00
    講師:須山幹太 先生(京都大学)
    演題:「転写調節機構の解明に向けたゲノム情報解析からのアプローチ ― シス因子配列モチーフの同定と比較 ―」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  4. 平成22年7月12日15:15-16:45
    講師:広川貴次 先生(産業技術総合研究所・生命情報工学研究センター)
    演題:「タンパク質構造情報に基づく創薬分子設計」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  5. 平成22年7月21日13:30-14:30
    講師:仲里猛留 先生(ライフサイエンス統合データベースセンター)
    演題:「データベースの統合的活用術:文献情報を中心に」
    教室:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
  6. 平成22年7月21日14:30-15:30
    講師:上野京子 先生(社団法人化学情報協会)
    演題:「バイオ分野の情報へのアクセス:付加価値型データベースの活用」
    教室:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
  7. 平成22年7月26日17:15-18:45
    講師:麻生川 稔 (NEC、本ユニット特任教授)
    演題:「能動学習を用いた効率的な化合物スクリーニング法」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  8. 平成22年7月27日16:30-18:00
    講師:遠藤俊徳 先生(北海道大学)
    演題:「配列から機能情報を絞り出す - 酵素と受容体の分類と機械学習」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)