9.機能ゲノム学
授業の目標・概要
ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、Linux基礎、比較ゲノム解析、染色体構造解析、および単一細胞解析について解説します。
担当教員
門田幸二 （東大・農・アグリバイオ / 准教授）
谷澤靖洋 （国立遺伝学研究所 / 助教）
東 光一 （国立遺伝学研究所 / 助教）
受講上の注意
東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。
この講義はZoomを用いて実施します。（オンデマンド受講可能）
ソフトウェアのインストールページを参照し、各自のPCに必要なソフトウェアを予めインストールしてください。
実習ではLinuxおよびColabを利用予定です。
本科目は「生物配列解析基礎」および「ゲノム情報解析基礎」と関連していますので、併せて履修することをおすすめします。
参考図書
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム／編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021
坊農秀雅・著、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版、MEDSi、2023
坊農秀雅・編、改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ、羊土社、2023
講義日程（2025年度）
- 2025年5月27日 講師：谷澤靖洋
- 2025年6月3日 講師：門田幸二
- 2025年6月10日 講師：東 光一
- 2025年6月17日 講師：東 光一
講義日程（2024年度）
- 2024年5月14日 講師：谷澤靖洋
- 2024年5月21日 講師：門田幸二
- 2024年5月28日 講師：東 光一
- 2024年6月4日 講師：東 光一
講義日程（2023年度）
- 2023年5月23日 講師：谷澤靖洋
- 2023年5月30日 講師：門田幸二
- 2023年6月6日 講師：東 光一
- 2023年6月13日 講師：東 光一
講義日程（2022年度）
- 2022年5月10日 講師：谷澤靖洋
- 2022年5月17日 講師：門田幸二
- 2022年5月24日 講師：東 光一
- 2022年5月31日 講師：東 光一
講義日程（2021年度）
- 2021年5月11日 講師：谷澤靖洋
- 2021年5月18日 講師：門田幸二
- 2021年5月25日 講師：門田幸二
- 2021年6月1日 講師：門田幸二
講義日程（2020年度）
- 2020年5月12日 講師：谷澤靖洋
- 2020年5月19日 講師：門田幸二
- 2020年5月26日 講師：門田幸二
- 2020年6月2日 講師：門田幸二
講義日程（2019年度）
- 2019年5月27日
- 2019年6月3日
- 2019年6月10日
- 2019年6月17日
講義日程（平成30年度）
- 平成30年5月8日
- 平成30年5月15日
- 平成30年5月22日
- 平成30年5月29日
講義日程（平成29年度）
- 平成29年5月8日
- 平成29年5月15日
- 平成29年5月22日
- 平成29年5月29日
講義日程（平成28年度）
- 平成28年5月9日
- 平成28年5月16日
- 平成28年5月23日
- 平成28年5月30日
講義日程（平成27年度）
- 平成27年5月12日
- 平成27年5月19日
- 平成27年5月26日
- 平成27年6月9日
講義日程（平成26年度）
- 平成26年5月14日
- 平成26年5月21日
- 平成26年5月28日
- 平成26年6月4日
講義日程（平成25年度）
- 平成25年6月17日（月）
近藤伸二（国立極地研究所） - 平成25年6月24日（月）
近藤伸二（国立極地研究所） - 平成25年7月1日（月）
古園さおり（東大・農・生物生産工学センター） - 平成25年7月8日（月）
古園さおり（東大・農・生物生産工学センター）
講義日程（平成24年度）
- 平成24年6月18日（月）
「次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析の実際」
鈴木穣（東大・新領域・メディカルゲノム） - 平成24年6月25日（月）
「魚介類のゲノム解析と今後の展望」
浅川修一（東大・農・水圏生物科学） - 平成24年7月2日（月）
「全ゲノム比較解析」 - 平成24年7月9日（月）
「ヌクレオソームマップ解析」