概要

次世代シーケンサー(NGS)は、農学生命科学を含む様々な分野で利用されています。本科目では、NGSデータ解析に関する内容を中心に、プログラムの使い分けや結果の合理的な解釈などに関する実習を含む講義を行います。

担当教員

門田幸二 (東大・農・アグリバイオ / 准教授)

お知らせ

課題の解答などを掲載しました。各種質問に対する回答もリンク先にあります。(2018年7月6日)

参考図書

門田幸二 著 (金明哲 編)、「シリーズ Useful R ⑦ トランスクリプトーム解析」、共立出版、2014年。ISBN:978-4-320-12370-0

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年06月12日 (PC使用)
    講義資料PDF(約5MB; 2018.06.12版)
    (Rで)塩基配列解析
    QuasRGaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    HTSeqAnders et al., Bioinformatics, 2015
    hoge10.txt
    htseq-countのページ
    hoge1.gtf
    sample_blekhman_36.txt
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
  2. 平成30年06月19日 (PC使用)
    講義資料PDF(約4MB; 2018.06.20版)
    (Rで)塩基配列解析
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    Tang et al., BMC Bioinformatics, 2015
    Zhao et al., Biol. Proc. Online, 2018
    ReCount(website):Frazee et al., BMC Bioinformatics, 2011
    平成28年度NGSハンズオン講習会
    recount2(website):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    recount(R package):Collado-Torres et al., Nat Biotechnol., 2017
    rse_gene.Rdata(SRP001558)
    rse_gene.Rdata(ERP000546)
  3. 平成30年06月26日 (PC使用)
    講義資料PDF(約3MB; 2018.06.27版)
    kadai.txt
    (Rで)塩基配列解析
    TCCSun et al., BMC Bioinformatics, 2013
    edgeRRobinson et al., Bioinformatics, 2010
    DESeqAnders and Huber, Genome Biol, 2010
    DESeq2Love et al., Genome Biol., 2014
    Blekhman et al., Genome Res., 2010
    Schurch et al., RNA, 2016
  4. 平成30年07月03日 (PC使用)
    講義資料PDF(約4MB; 2018.07.03版)
    (Rで)塩基配列解析
    rcode_ORA_basic.txt
    rcode_Pickrell.txt

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年07月20日 (PC使用)
  2. 平成28年07月21日 (PC使用)
  3. 平成28年07月22日 (PC使用)

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年06月16日 (PC使用)
    (Rで)塩基配列解析
    講義資料PDF
  2. 平成27年06月23日 (PC使用)
    講義資料PDF
  3. 平成27年06月30日 (PC使用)
    講義資料PDF
  4. 平成27年07月07日 (PC使用)
    講義資料PDF

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年06月11日17:15-20:30 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成26年06月18日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140618_kadaikaitou.pdf
  3. 平成26年06月25日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140625_kadaikaitou.pdf
  4. 平成26年07月02日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
    (Rで)塩基配列解析
    課題の回答やコメント:20140702_kadaikaitou.pdf

講義日程(平成25年度)

  1. 平成25年06月19日17:15-20:30 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成25年06月27日17:15-20:30 (PC使用)日程変更しました!
    講師:門田幸二
  3. 平成25年07月03日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
  4. 平成25年07月04日17:15-20:30 (PC使用)
    講師:門田幸二

講義日程(平成24年度)

  1. 平成24年09月03日13:30-16:45 (PC不使用)
    講師:西達也
  2. 平成24年09月04日13:30-18:30 (PC使用)
    講師:門田幸二
  3. 平成24年09月05日13:30-18:30 (PC使用)
    講師:門田幸二

講義日程(平成23年度)

  1. 平成23年07月26日13:00-20:00 (ゲノム(配列)解析系:浅川・徐)
    講師:浅川修一
    CpGPlot(塩基含量のグラフ作成)
    RepeatMasker(反復配列の除去)
    GENSCAN(遺伝子(エキソン)予測)
    Twinscan(遺伝子(エキソン)予測)
    MZEF(遺伝子(エキソン)予測)
    GrailEXP(遺伝子(エキソン)予測)
    BLAST(相同性検索)
    SMART(モチーフ・ドメイン検索)
    Pfam(モチーフ・ドメイン検索)
    InterPro(モチーフ・ドメイン検索)

    NCBI
    AgBI_asakawa.txt

    講師:徐 泰健
    comlist5.txt
  2. 平成23年07月27日13:00-20:00 (トランスクリプトーム解析系:門田)
    参考URL:(Rで)塩基配列解析

レポート提出締切:平成23年8月10日(二日間の講義共通)
メールの件名(Subject):「特論I課題 / 氏名 / 受講生番号

講義日程(平成22年度)

  1. 平成22年06月21日15:15-16:45
    講師:伏信進矢 先生(本研究科応用生命工学専攻)
    演題:「グリコシダーゼの反応機構に立体構造解析とコンピュータ解析で迫る」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  2. 平成22年06月28日15:15-16:45
    講師:石黒正路 先生(新潟薬科大学)
    演題:「タンパク質機能構造のモデリングと分子認識について」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  3. 平成22年07月05日13:30-15:00
    講師:須山幹太 先生(京都大学)
    演題:「転写調節機構の解明に向けたゲノム情報解析からのアプローチ ― シス因子配列モチーフの同定と比較 ―」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  4. 平成22年07月12日15:15-16:45
    講師:広川貴次 先生(産業技術総合研究所・生命情報工学研究センター)
    演題:「タンパク質構造情報に基づく創薬分子設計」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  5. 平成22年07月21日13:30-14:30
    講師:仲里猛留 先生(ライフサイエンス統合データベースセンター)
    演題:「データベースの統合的活用術:文献情報を中心に」
    教室:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
  6. 平成22年07月21日14:30-15:30
    講師:上野京子 先生(社団法人化学情報協会)
    演題:「バイオ分野の情報へのアクセス:付加価値型データベースの活用」
    教室:農学部2号館2階化学第一講義室(化1)
  7. 平成22年07月26日17:15-18:45
    講師:麻生川 稔 (NEC、本ユニット特任教授)
    演題:「能動学習を用いた効率的な化合物スクリーニング法」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)
  8. 平成22年07月27日16:30-18:00
    講師:遠藤俊徳 先生(北海道大学)
    演題:「配列から機能情報を絞り出す - 酵素と受容体の分類と機械学習」
    教室:農学部2号館1階化学第三講義室(化3)