アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

授業の目標・概要

耕地や農業施設等のフィールドにおける植物生産の量と質は、作物のゲノム情報のみで一義的に決まるのではなく、時間的空間的に変化する環境条件、土壌条件、および微生物等との相互作用の結果として決定しています。現在、ドローンや圃場環境センサーをはじめとする種々の観測装置が発達し、圃場全体からビッグデータが生成・収集されています。一方で、分析機器の高度化により、フィールド栽培植物を対象としたゲノム・トランスクリプトーム・メタボローム・イオノームやマイクロバイオームなどの膨大なオミクス情報が蓄積されています。これらの情報を最大限に活用するために必要となるフィールドインフォマティクスの理論や技術について実習形式で解説します。

担当教員

大森 良弘 （東大・農・アグリバイオ / 准教授）
井澤 毅 （東大・農・生産・環境生物学専攻 / 教授）
岩田洋佳 （東大・農・生産・環境生物学専攻 / 教授）
郭 威 （東大・農・附属生態調和農学機構 / 准教授）
反田直之 （大阪公立大学 / 助教）

教科書

門田幸二、清水謙多郎、岸野洋久、寺田透　共編著、Web連携テキスト　バイオ インフォマティクス　基礎から応用 、培風館、2022

お知らせ

東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。

この講義は「バイオスタティスティクス基礎論」および「農学生命情報科学特論II」、「農学生命情報科学特論III」」に関連していますので、併せて履修することをおすすめします。

この講義はZoomを用いて実施します。

R(もしくは、RStudio)の基本的な利用法を習得済みであることを前提として行います。アグリバイオの教科書の付録ページの「R1.010 R本体とRStudioとパッケージのインストール」および「R1.020 RStudioの基本的な利用法」を参考にして、基礎的な事柄を理解しておいてください。

本講義では、以下のフリーソフトを使用します。あらかじめインストールしておいてください。

• Google Colaboratory
• R
• RStudio

講義日程（2024年度）

1. 2024年6月5日
   講師：郭 威
2. 2024年6月12日
   講師：岩田洋佳
3. 2024年6月19日は休講
   講師：井澤 毅
4. 2024年6月26日
   講師：反田直之
   講師：大森良弘
5. 2024年6月27日（6月19日の振替講義）
   講師：井澤 毅

講義日程（2023年度）

1. 2023年6月7日
   講師：郭 威
2. 2023年6月14日
   講師：岩田洋佳
3. 2023年6月21日
   講師：井澤 毅
4. 2023年6月28日
   講師：反田直之
   講師：大森良弘

講義日程（2022年度）

1. 2022年6月8日
   講師：郭 威
2. 2022年6月15日
   講師：岩田洋佳
3. 2022年6月22日
   講師：井澤 毅
4. 2022年6月29日
   講師：反田直之
   講師：大森良弘

講義日程（2021年度）

1. 2021年6月9日
   講師：郭 威
2. 2021年6月16日
   講師：岩田洋佳
3. 2021年6月23日
   講師：井澤 毅
4. 2021年6月30日
   講師：反田直之
   講師：大森良弘

講義日程（2020年度）

1. 2020年6月9日
   講師：岩田洋佳
   演題：ゲノムと表現型情報の関連を利用する〜GWASとゲノミックプレディクション～
2. 2020年6月16日
   講師：郭 威
   演題：イメージセンシングによる植物生育評価
3. 2020年6月23日
   講師：井澤 毅
   演題：野外環境での遺伝子発現の変動を統計モデリングしてみたら？
4. 2020年6月30日
   講師：三浦直子
   演題：GISとフィールドデータ収集
   講師：大森良弘
   演題： イオノームを用いた機械学習

講義日程（2019年度）

1. 2019年5月14日
講師：郭 威
演題：ドローン画像を用いた植物の生育解析

講師：登内亜弥
講師：榊原章之
演題：Pythonを用いた植物画像解析

2. 2019年5月21日
講師：戸田陽介
演題：深層学習を利用した植物画像解析

講師：大森 良弘
演題：イオノーム情報を用いた機械学習 (分類)

3. 2019年5月28日
講師：井澤 毅
演題：野外環境での遺伝子発現の変動を keras/tensorflow でモデリングしてみよう！
講師：鹿島 誠
演題：野外 RNA-Seq を用いた品種間差を生み出す座位の検出

4. 2019年6月4日
講師：市橋泰範
演題：フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する
講師：岩田洋佳
演題：ゲノムと表現型情報の関連を利用する〜GWASとゲノミックプレディクション～

講義日程（平成30年度）

1. 平成30年5月9日
(PC使用)
講師：岩田洋佳
演題：ゲノムと表現型の関連を利用する～GWASとゲノミックプレディクション～

2. 平成30年5月16日
(PC不使用)
講師：平藤雅之
演題：フィールドモニタリングとビッグデータ

3. 平成30年5月23日
(PC不使用)
講師：藤本優
演題：ゲノム予測を基盤としたエネルギー作物育種の実践

4. 平成30年5月30日
(PC不使用)
講師：井澤 毅
演題：野外栽培環境における遺伝子発現情報は農学におけるロゼッタストーンになりえるのか？

5. 平成30年6月13日
(PC不使用)
講師：二宮正士
演題：作物フェノタイピングのこれまでとこれから

6. 平成30年6月20日
(PC使用)
講師：郭 威
演題：作物表現型を解析するための画像解析および機械学習技術

7. 平成30年7月4日
(PC不使用)
講師：加藤洋一郎
講師：増冨祐司
演題：作物成長シミュレーションによる気候変動下の食料生産予測