授業の目標・概要

細胞中で発現している全転写物(トランスクリプトーム)解析手法について、特に発現データ解析部分を中心に解説します。また、R のスキルアップを目指します。

担当教員

門田幸二 (東大・農・アグリバイオ / 准教授)

お知らせ

課題の解答などを掲載しました。各種質問に対する回答もリンク先にあります。(2018年7月6日)

参考図書

門田幸二 著 (金明哲 編)、「シリーズ Useful R ⑦ トランスクリプトーム解析」、共立出版、2014。ISBN:978-4-320-12370-0

坊農秀雄 著、生命科学データ解析、MEDSi、2017

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年05月08日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    plasmid1.gff3(課題用)
    plasmid2.gff3(課題用)
    de Lannoy et al., F1000Res., 2017
    Garalde et al., Nat Methods, 2018
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
  3. 平成30年05月15日
  4. 講義資料PDF(約5MB; 2018.05.11版)
    (Rで)塩基配列解析
    DRR000031sub.fastq
    RNA-QC-chainZhou et al., BMC Genomics, 2018
    BiostarParnell et al., PLoS Comput Biol., 2011
    FastQC
    DRR000031sub_fastqc.html
    DRR000031_fastqc.html(課題用)
    report.html(qrqcを用いたQC結果)
  5. 平成30年05月22日
  6. 講義資料PDF(約5MB; 2018.05.19版)
    (Rで)塩基配列解析
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
    KrakenDavis et al., Methods, 2013
    Lowe et al., PLoS Comput Biol., 2017
    FaQCsLo and Chain, BMC Bioinformatics, 2014
    FaQCs実行結果のQC.stats.txt
    FaQCs実行結果のQC_qc_report.pdf
    FastQC
    QC.unpaired.trimmed_fastqc.html(課題用)
    ShortReadMorgan et al., Bioinformatics, 2009
    BioconductorGentleman et al., Genome Biol., 2004
    Rsubread(Windows版なし):Liao et al., Nucleic Acids Res., 2013 report.html(qrqcを用いたQC結果)
    QuasR(Windows版あり):Gaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    BowtieLangmead et al., Genome Biol., 2009
    Bowtie2Langmead and Salzberg, Nat. Methods, 2012
    sample_RNAseq1.sam(Bowtie2の実行結果SAMファイル)
    Sequence Alignment/Map Format Specification
  7. 平成30年05月29日
  8. 講義資料PDF(約4MB; 2018.05.29版)
    bowtie1_default.sam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)
    bowtie1_QuasR.sam(-m 1 --best --strata –v 0での実行結果)
    Bowtieマニュアル中のSAM bowtie output
    DDBJ PipelineNagasaki et al., DNA Res., 2013
    GalaxyGoecks et al., Genome Biol., 2010
    Illumina BaseSpace
    BEDToolsQuinlan and Hall, Bioinformatics, 2010
    sample_RNAseq4_3b6c652a602a.bam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年05月08日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    plasmid1.gff3(課題用)
    plasmid2.gff3(課題用)
  3. 平成29年05月15日
  4. 講義資料PDF
  5. 平成29年05月22日
  6. 講義資料PDF
  7. 平成29年05月29日
  8. 講義資料PDF

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年05月09日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
  3. 平成28年05月16日
  4. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
  5. 平成28年05月23日
  6. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    hoge_20160523.zip (約50MB)
  7. 平成28年05月30日
  8. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    hoge_20160530.zip (約31MB; gmtファイルは除いているので、当日参加者は講義室でUSBメモリ経由でコピーしてください)

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年05月12日
  2. 講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    GGRNANaito and Bono, Nucleic Acids, Res, 2012
    MacでのJavaのインストール方法
    スライド中のhogeフォルダは大きすぎるので配布をあきらめました。 全部欲しい方はアグリバイオ事務局まで直接お越しください(門田がいれば対応可能です)。
  3. 平成27年05月19日
  4. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイルの一部:hoge_20150519.zip (約50MB)
  5. 平成27年05月26日
  6. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイル:hoge_20150526.zip (約50MB)
  7. 平成27年06月09日
  8. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイル:hoge_20150609.zip (約32MB)

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年05月14日
  2. (Rで)マイクロアレイデータ解析
    課題の回答やコメント:20140514_kadaikaitou.pdf
  3. 平成26年05月21日
  4. 課題の回答やコメント:20140521_kadaikaitou.pdf
  5. 平成26年05月28日
  6. 課題の回答やコメント:20140528_kadaikaitou.pdf
  7. 平成26年06月04日
  8. 課題の回答やコメント:20140604_kadaikaitou.pdf