授業の目標・概要

ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、ゲノムサイズ推定など様々な目的で利用されるk-mer出現頻度解析、染色体構造解析、および単一細胞RNA-seq解析に関する講義を行います。

担当教員

門田幸二 （東大・情報学環・アグリバイオ / 准教授）
谷澤靖洋 （国立遺伝学研究所 / 助教）
東 光一 （国立遺伝学研究所 / 助教）

お知らせ

東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。

この講義はZoomを用いて実施します。ソフトウェアのインストールページを参照し、各自のPCに必要なソフトウェアを予めインストールしてください。

Rstudioの基本的な利用法を習得済みであることを前提として行いますので 「基本的な利用法」 を参考にして基礎的な事柄を理解しておいてください。

参考図書

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム／編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021
坊農秀雅・著、生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析道場 第2版、MEDSi、2023
坊農秀雅・編、改訂版RNA-Seqデータ解析　WETラボのための超鉄板レシピ、羊土社、2023
門田幸二、清水謙多郎、岸野洋久、寺田透　共編著、Web連携テキスト　バイオ インフォマティクス　基礎から応用、培風館、2022

講義日程（2023年度）

  1. 2023年5月23日(谷澤)
  2. 2023年5月30日(門田)
  3. 2023年6月6日(東)
  4. 2023年6月13日(東)

講義日程（2022年度）

  1. 2022年5月10日(谷澤)
  2. 2022年5月17日(門田)
  3. 2022年5月24日(東)
  4. 2022年5月31日(東)

講義日程（2021年度）

  1. 2021年5月11日(谷澤)
  2. 2021年5月18日(門田)
  3. 2021年5月25日(門田)
  4. 2021年6月1日(門田)

講義日程（2020年度）

  1. 2020年5月12日(谷澤)
  2. 2020年5月19日(門田)
  3. 2020年5月26日(門田)
  4. 2020年6月2日(門田)

講義日程（2019年度）

  1. 2019年5月27日
  2. 2019年6月3日
  3. 2019年6月10日
  4. 2019年6月17日

講義日程（平成30年度）

  1. 平成30年5月8日
  2. 平成30年5月15日
  3. 平成30年5月22日
  4. 平成30年5月29日

講義日程（平成29年度）

  1. 平成29年5月8日
  2. 平成29年5月15日
  3. 平成29年5月22日
  4. 平成29年5月29日

講義日程（平成28年度）

  1. 平成28年5月9日
  2. 平成28年5月16日
  3. 平成28年5月23日
  4. 平成28年5月30日

講義日程（平成27年度）

  1. 平成27年5月12日
  2. 平成27年5月19日
  3. 平成27年5月26日
  4. 平成27年6月9日

講義日程（平成26年度）

  1. 平成26年5月14日
  2. 平成26年5月21日
  3. 平成26年5月28日
  4. 平成26年6月4日

講義日程（平成25年度）

  1. 平成25年6月17日（月）
    近藤伸二（国立極地研究所）
  2. 平成25年6月24日（月）
    近藤伸二（国立極地研究所）
  3. 平成25年7月1日（月）
    古園さおり（東大・農・生物生産工学センター）
  4. 平成25年7月8日（月）
    古園さおり（東大・農・生物生産工学センター）

講義日程（平成24年度）

  1. 平成24年6月18日（月）
    「次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析の実際」
    鈴木穣（東大・新領域・メディカルゲノム）
  2. 平成24年6月25日（月）
    「魚介類のゲノム解析と今後の展望」
    浅川修一（東大・農・水圏生物科学）
  3. 平成24年7月2日（月）
    「全ゲノム比較解析」
  4. 平成24年7月9日（月）
    「ヌクレオソームマップ解析」