授業の目標・概要

ゲノム解析やトランスクリプトーム解析分野で用いられる手法を中心に解説します。バクテリアゲノムのde novoアセンブリやアノテーション、ゲノムサイズ推定など様々な目的で利用されるk-mer出現頻度解析、染色体構造解析、および単一細胞RNA-seq解析に関する講義を行います。

担当教員

門田幸二 (東大・情報学環・アグリバイオ / 准教授)
谷澤靖洋 (国立遺伝学研究所 / 助教)
東 光一 (国立遺伝学研究所 / 助教)

お知らせ

東京大学の学生の方は、オンライン授業を受けるための準備を必ずしてください。

この講義はZoomを用いて実施します。ソフトウェアのインストールページを参照し、各自のPCに必要なソフトウェアを予めインストールしてください。

Rstudioの基本的な利用法を習得済みであることを前提として行いますので 「基本的な利用法」 を参考にして基礎的な事柄を理解しておいてください。

参考図書

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム/編、独習 Pythonバイオ情報解析、羊土社、2021 藤博幸・編、よくわかるバイオインフォマティクス入門、講談社、2018
坊農秀雅 著、RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ、羊土社、2019
坊農秀雅 著、Dr.Bonoの生命科学データ解析、MEDSi、2021

講義日程(2022年度)

  1. 2022年5月10日(谷澤)
  2. 2022年5月17日(門田)
  3. 2022年5月24日(東)
  4. 2022年5月31日(東)

講義日程(2021年度)

  1. 2021年5月11日(谷澤)
  2. 2021年5月18日(門田)
  3. 2021年5月25日(門田)
  4. 2021年6月1日(門田)

講義日程(2020年度)

  1. 2020年5月12日(谷澤)
  2. 講義資料PDF1(講義スライド)(最終更新:2020.05.12)
    講義資料PDF2(バクテリアゲノム解析実習)(最終更新:2020.05.12)
  3. 2020年5月19日(門田)
  4. 講義資料PDF(最終更新:2020.05.20)
    (Rで)塩基配列解析
    seq_20.fasta
    NGSハンズオン講習会の2016年7月20日の講義資料(スライド114-)
    課題1:kadai1.fasta
    課題3:kadai3.fasta
    課題4:kadai4_2mer.txt, kadai4.R
    課題5:kadai5.fasta
  5. 2020年5月26日(門田)
  6. 講義資料PDF(最終更新:2020.05.26)
    20200526_data.txt
    20200526.R
    (Rで)塩基配列解析
    tech_biol.R
  7. 2020年6月2日(門田)
  8. 講義資料PDF(最終更新:2020.06.04)
    (Rで)塩基配列解析
    20200602_data_bulk.txt
    20200602.R
    20200210_kadota.pdf

講義日程(2019年度)

  1. 2019年5月27日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    plasmid1.gff3(課題用)
    plasmid2.gff3(課題用)
    MaserKinjo et al., Database (Oxford), 2018
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
  3. 2019年6月3日
  4. 講義資料PDF(最終更新:2019.06.04)
    (Rで)塩基配列解析
    DRR000031sub.fastq
    RNA-QC-chainZhou et al., BMC Genomics, 2018
    BiostarParnell et al., PLoS Comput Biol., 2011
    FastQC
    DRR000031sub_fastqc.html
    DRR000031_fastqc.html(課題用)
    20190603_kadai.docxレポート課題のwordファイル
    report.html(qrqcを用いたQC結果)
  5. 2019年6月10日
  6. 講義資料PDF(最終更新:2019.06.10)
    (Rで)塩基配列解析
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
    KrakenDavis et al., Methods, 2013
    Lowe et al., PLoS Comput Biol., 2017
    FaQCsLo and Chain, BMC Bioinformatics, 2014
    FaQCs実行結果のQC.stats.txt
    FaQCs実行結果のQC_qc_report.pdf
    FastQC
    QC.unpaired.trimmed_fastqc.html(課題用)
    ShortReadMorgan et al., Bioinformatics, 2009
    BioconductorGentleman et al., Genome Biol., 2004
    Rsubread(Windows版なし):Liao et al., Nucleic Acids Res., 2013 report.html(qrqcを用いたQC結果)
    QuasR(Windows版あり):Gaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    BowtieLangmead et al., Genome Biol., 2009
    Bowtie2Langmead and Salzberg, Nat. Methods, 2012
    sample_RNAseq1.sam(Bowtie2の実行結果SAMファイル)
    Sequence Alignment/Map Format Specification
  7. 2019年6月17日
  8. 講義資料PDF(最終更新:2019.06.13)
    bowtie1_default.sam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)
    bowtie1_QuasR.sam(-m 1 --best --strata –v 0での実行結果)
    Bowtieマニュアル中のSAM bowtie output
    MaserKinjo et al., Database (Oxford), 2018
    GalaxyGoecks et al., Genome Biol., 2010
    Illumina BaseSpace
    BEDToolsQuinlan and Hall, Bioinformatics, 2010
    sample_RNAseq4_3b6c652a602a.bam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)

講義日程(平成30年度)

  1. 平成30年5月8日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    plasmid1.gff3(課題用)
    plasmid2.gff3(課題用)
    de Lannoy et al., F1000Res., 2017
    Garalde et al., Nat Methods, 2018
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
  3. 平成30年5月15日
  4. 講義資料PDF(約5MB; 2018.05.11版)
    (Rで)塩基配列解析
    DRR000031sub.fastq
    RNA-QC-chainZhou et al., BMC Genomics, 2018
    BiostarParnell et al., PLoS Comput Biol., 2011
    FastQC
    DRR000031sub_fastqc.html
    DRR000031_fastqc.html(課題用)
    report.html(qrqcを用いたQC結果)
  5. 平成30年5月22日
  6. 講義資料PDF(約5MB; 2018.05.19版)
    (Rで)塩基配列解析
    RNACocktailSahraeian et al., Nat Commun., 2017
    KrakenDavis et al., Methods, 2013
    Lowe et al., PLoS Comput Biol., 2017
    FaQCsLo and Chain, BMC Bioinformatics, 2014
    FaQCs実行結果のQC.stats.txt
    FaQCs実行結果のQC_qc_report.pdf
    FastQC
    QC.unpaired.trimmed_fastqc.html(課題用)
    ShortReadMorgan et al., Bioinformatics, 2009
    BioconductorGentleman et al., Genome Biol., 2004
    Rsubread(Windows版なし):Liao et al., Nucleic Acids Res., 2013 report.html(qrqcを用いたQC結果)
    QuasR(Windows版あり):Gaidatzis et al., Bioinformatics, 2015
    BowtieLangmead et al., Genome Biol., 2009
    Bowtie2Langmead and Salzberg, Nat. Methods, 2012
    sample_RNAseq1.sam(Bowtie2の実行結果SAMファイル)
    Sequence Alignment/Map Format Specification
  7. 平成30年5月29日
  8. 講義資料PDF(約4MB; 2018.05.29版)
    bowtie1_default.sam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)
    bowtie1_QuasR.sam(-m 1 --best --strata –v 0での実行結果)
    Bowtieマニュアル中のSAM bowtie output
    DDBJ PipelineNagasaki et al., DNA Res., 2013
    GalaxyGoecks et al., Genome Biol., 2010
    Illumina BaseSpace
    BEDToolsQuinlan and Hall, Bioinformatics, 2010
    sample_RNAseq4_3b6c652a602a.bam(Bowtieのデフォルトオプション実行結果)

講義日程(平成29年度)

  1. 平成29年5月8日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    plasmid1.gff3(課題用)
    plasmid2.gff3(課題用)
  3. 平成29年5月15日
  4. 講義資料PDF
  5. 平成29年5月22日
  6. 講義資料PDF
  7. 平成29年5月29日
  8. 講義資料PDF

講義日程(平成28年度)

  1. 平成28年5月9日
  2. 講義資料PDF
    .gff3ファイル (約1.3MB)
    .faファイル (約2.2MB)
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
  3. 平成28年5月16日
  4. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
  5. 平成28年5月23日
  6. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    hoge_20160523.zip (約50MB)
  7. 平成28年5月30日
  8. 講義資料PDF
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    hoge_20160530.zip (約31MB; gmtファイルは除いているので、当日参加者は講義室でUSBメモリ経由でコピーしてください)

講義日程(平成27年度)

  1. 平成27年5月12日
  2. 講義資料PDF
    (Rで)塩基配列解析
    (Rで)マイクロアレイデータ解析
    GGRNANaito and Bono, Nucleic Acids, Res, 2012
    MacでのJavaのインストール方法
    スライド中のhogeフォルダは大きすぎるので配布をあきらめました。 全部欲しい方はアグリバイオ事務局まで直接お越しください(門田がいれば対応可能です)。
  3. 平成27年5月19日
  4. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイルの一部:hoge_20150519.zip (約50MB)
  5. 平成27年5月26日
  6. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイル:hoge_20150526.zip (約50MB)
  7. 平成27年6月9日
  8. 講義資料PDF
    スライド中のhogeフォルダの圧縮ファイル:hoge_20150609.zip (約32MB)

講義日程(平成26年度)

  1. 平成26年5月14日
  2. (Rで)マイクロアレイデータ解析
    課題の回答やコメント:20140514_kadaikaitou.pdf
  3. 平成26年5月21日
  4. 課題の回答やコメント:20140521_kadaikaitou.pdf
  5. 平成26年5月28日
  6. 課題の回答やコメント:20140528_kadaikaitou.pdf
  7. 平成26年6月4日
  8. 課題の回答やコメント:20140604_kadaikaitou.pdf